出于市場競爭的直接壓力，管理者更多關注業務層面的問題，投入到內部管理工作特別是人力資源管理的精力很少。部分的中小企業管理者在主觀上也存在認識的誤區：即把人力作為企業的成本，等同于一般的生產要素，沒有意識到人力是一種能夠產生發展動能的資源，不會開發或不愿開發。在人力資源管理方面投入意識淡漠，對企業人力資源管理的專業角色未放到恰當的位置加以重視。
二、員工招聘難
中小企業的用人需求緊迫，突發性和臨時性需求多，而且企業規模小，品牌影響力不夠，吸引到合適人才的難度較大。同時，企業內部培養少，對外部招聘的依賴性強，這些因素對人才招聘的效率產生較大的負面影響。以人員使用為主的中小企業，還沒有發展到人力資源開發階段，內部缺乏培養體系，這就導致對外招聘量大，并且壓力重。
三、員工流動性強
關鍵人才的流失，常常成為許多中小企業生存和發展的瓶頸。雖然企業人員有合理的流動是正常的現象，也是必要的，但當前中小企業員工流動存在不合理性。一是中小民營企業流動率過高，成了“人才中轉站”。二是流動人員中較大比例是管理人員和專業技術人員，這些人具有技術專長和管理經驗，是企業的中堅力量。因此員工高比例流動，不僅帶走了商業、技術秘密，帶走了客戶，使企業蒙受直接經濟損失，而且又增加了企業人力重置成本，影響了工作的連續性、工作質量和在職員工的穩定性。雖然中小企業員工的流動有著主客觀原因，但問題的關鍵仍是企業人力資源管理理念和方法缺位，如用人機制和激勵機制不規范，工作環境不融洽等。
四、工作積極性低
工作積極性低，是許多中小企業員工中普遍存在的現象。為了能夠吸引激勵和保留有能力的員工，公平的薪酬機制是必不可少的。隨著企業的發展和人才結構的復雜化，單一的薪酬體系已不能滿足核心員工的多樣化需求，原有的薪酬體系必須做出調整，但許多中小企業卻找不到合適的激勵手段。沒有科學的考核評估機制，在分配時更多是憑主管的個人判斷，導致分配不合理。自我中心式、非理性化家族管理，忽略了員工本身的作用和需要，很多人只是將眼前的工作視為謀生的手段，士氣得不到提高。
五、組織機構和管理制度不完善
目前，大多數中小企業沒有設置專門的人力資源管理機構，其職能大都由總經理辦公室或行政部或綜合部兼任。雖然有很多企業根據市場發展的需要將原來的“人事部”改為“人力資源部”，但還得兼任許多與人力資源管理關系不大的其他一些管理職能。有一些企業也嘗試著制定各種各樣的人力資源管理制度，并努力加以貫徹執行。但從其內容來分析，大都是從員工考勤、獎勵制度、工資分配、工作規則等方面對員工加以限制，而不是從如何充分調動員工的創造性和積極性出發來規范企業員工的行為，以求得員工發展和組織目標的實現。盡管員工心存不滿，但由于勞動力買方市場的現實，大部分員工只得接受各種條件限制。因此，在某種意義上，目前一些企業的人力資源管理制度的執行具有一定的強制性和片面性。
六、人力資源管理的基礎性工作被弱化
中小企業對人力資源管理的一些基礎性工作，如人事檔案與社會保險、工作分析與定崗定編等的關注度相對偏低。目前，許多中小企業管理者和員工還沒有完全形成依據勞動合同確立勞動關系的意識，對勞動合同的約束力認識不夠充分，因此，勞動合同管理還不到位。人力資源管理體系建立的基礎是崗位管理體系，其他人力資源管理工作諸如招聘、薪酬管理、績效管理都需要建立在崗位管理健全的基礎上。而中小企業由于人員較少，崗位的區分不是非常明晰，這樣就產生了中小企業建立崗位管理體系與無法清晰界定崗位之間的矛盾。國家發改委中小企業司和中國企業聯合會研究部對我國中小企業管理現狀進行了一次全國性調查，調查結果顯示，中小企業有崗位責任制并做到的企業比例僅占27.02%。中小企業除了在安全方面的工作標準和制度比較健全外，其他基礎管理工作還相當薄弱，需進一步加強。在《勞動合同法》等國家勞動法規對企業行為的規范越來越明確的背景下，如果不能對人力資源管理的基礎性工作高度重視，其潛在風險會越來越高。