從總體管理流程來看，薪酬管理屬于企業人力資源管理的一個末端環節，它位于一系列人力資源管理職能之后，尤其是在職位分析與評價以及績效管理等完成之后才能得到的一個結果。
一、薪酬結構零散，基本薪酬的決定基礎混亂
從我國很多企業的工資表上，你都能看到多達五六項、七八項甚至十幾項的工資構成，看上去甚是復雜。究其原因，就在于許多企業的薪酬體系設計是一種機械式的設計思路，認為薪酬中應當體現的某種因素比如崗位的重要性、技能水平的要求高低、最低生活費用等等，都必須在薪酬結構中單獨設立這么一個板塊。事實上，很多時候，企業的薪酬構成被劃分得越是支離破碎，員工的薪酬水平差異就越是不容易得到合理的體現，因為既然你單獨設立一個薪酬項目，那么大家必然要多多少少都拿一點。不僅如此，薪酬構成板塊過多還會造成另外一個不利的后果，這就是，員工的薪酬水平高低到底取決于什么變得模糊了。員工既不清楚決定自己的工資與他人的差異主要是什么原因造成的，也不清楚自己怎樣能夠通過個人的努力來增加薪酬收入，更看不到企業的薪酬系統鼓勵什么，與企業的戰略之間是一個什么樣的關系。
從我國企業的實際狀況來看，對于管理類、事務類以及生產類的員工來說，以職位為基礎的基本薪酬決定方式起碼在現階段是比較適用的。但是，需要指出的一點是，即使是在我國一些明確實行了崗位工資的企業中，在崗位的界定和評價方面仍然存在很多誤區。在我國的許多企業中，作為基本薪酬決定依據的與其說是崗位，不如說是行政級別或者是人員類別，而不是真正意義上的經過分析和評價之后確定的崗位。比如說，很多企業的部門經理都拿基本相同的薪酬，理由是他們屬于同一類崗位，但事實上，不同部門經理所承受的壓力以及對企業戰略目標的貢獻差異非常大，你可以說他們是在同一個行政級別上，卻不能說他們屬于同一個等級的崗位。對一些規模較大的電信企業以及保險企業中進行實際量化職位評價的結果表明，不同的部門經理職位通�？梢员粍澐譃槿剿膫�不同的崗位等級。
對企業來說，對技術類人員實行以技能為基礎的基本薪酬決定方式，可能是比較合理也比較有利的。只不過在實行技能工資制的情況下，企業必須制定出明確的技能等級評價以及再評價的方案，而不能搞成變相的論資排輩。目前我國企業單純依賴國家的職稱評定系統來界定技術類人員技能等級的做法，已經遠遠適應不了人力資源管理的需要，企業必須自行研究制定適用于本企業技能資格的等級標準，并定期進行評價和重新評價，這樣才能保證技能工資制真正落到實處。
二、高估作為一種獨立系統存在的薪酬的作用
從總體管理流程來看，薪酬管理屬于企業人力資源管理的一個末端環節，它位于一系列人力資源管理職能之后，尤其是在職位分析與評價以及績效管理等完成之后才能得到的一個結果。但是，薪酬管理的作用絕不僅僅是“分蛋糕”或者是論功行賞，薪酬分配本身既是一種結果，同時也是一種過程。進而言之，薪酬系統本身所規定的分配方式、分配基準、分配規則以及最終的分配結果，會反過來對進入價值創造過程的人的來源以及價值創造過程本身產生影響。也就是說，薪酬分配的過程及其結果所傳遞的信息有可能會導致員工有更高的工作熱情、更強烈的學習與創新的愿望，也有可能導致員工工作懶散、缺乏學習與進取的動力。
目前，我國相當一部分企業將薪酬當做對員工進行激勵的惟一手段或者最重要的手段，相信重賞之下，必有勇夫，只要工資高，一切都好辦;只要支付了足夠的薪水，企業在人力資源管理方面就可以減少很多的麻煩，比如更容易招聘到一流的員工，員工更不容易離職，以及更便于向員工施加努力工作的壓力等等。在這些企業中，薪酬往往成為企業激勵員工的一個撒手銅，加薪成為解決人的問題的一種最得心應手的手段。
根據赫茲伯格的雙因素理論，薪酬主要屬于一種保健因素而非激勵因素。即高的薪酬水平可能會保證員工不會產生不滿感，但是并不能自然導致員工產生滿意感。事實上，這種情況在我國許多企業員工尤其是那些受教育水平較高的人身上體現得非常充分。勞動力市場上很多人為了個人的能力發揮，以及尋求適應自己的企業文化和領導風格而辭去高薪酬的工作，寧愿接受薪酬水平稍微低一些的工作。事實上，很多時候，當員工抱怨對于企業的薪酬水平不滿時，真正的原因并不一定是薪酬本身有問題，很可能是員工對于企業人力資源管理系統的其他方面有意見，只不過是借薪酬說事罷了。這時，加薪僅僅是對員工在其他方面不滿所導致的心理損失提供一種補償，卻絲毫不會產生企業所期望的激勵效果。
三、薪酬系統的激勵手段單一，激勵效果較差
在基本薪酬差距一定的情況下，薪酬對于員工的激勵主要取決于兩大主要工具，一個工具是績效加薪，另外一個工具是獎金的發放。所謂績效加薪，就是在員工現有基本薪酬的基礎上，參考市場薪酬水平，同時主要根據員工的績效評價結果(有時還要考慮員工所在部門的業績以及整個公司的業績)來增加員工的基本薪酬的落千丈一種做法。獎金也是一個主要與員工個人的績效相關的現金獎勵。但是兩者之間存在一個具有較大差異的特征：績效加薪會導致員工的基本薪酬不斷提高，而獎金則大多屬于一次性支付的性質，獎金的發放并不改變員工的基本薪酬水平口績效加薪具有一種剛性特點，盡管每次加薪的幅度往往不大，但是久而久之就可能導致企業在不知不覺中，將員工的基本薪酬提高到對成本構成較大壓力的地步。而與此同時，這種日積月累式的加薪也漸漸被員工們看成一種理所當然的既得權利，而不是一種員工激勵性的力量。因此，企業可以在績效優異時支付較高水平的獎金，而在績效不佳時適當控制獎金的發放，從而適當控制成本。
當前，在我國許多企業中，生產工人的薪酬管理制度相對來說變得越來越合理，越來越接近市場的要求，但是對于管理類、事務類、技術類以及一些營銷類員工的薪酬體系設計卻仍然有著濃厚的傳統的計劃經濟體制的色彩。許多企業喊了很久要拉開企業內部的收入分配差距，但實際上卻往往是雷聲大，雨點小。我們知道，員工的收入差距，一方面應當取決于員工所從事的工作本身在企業中的重要程度以及外部市場的狀況，另一方面還取決于員工在當前工作崗位上的實際工作業績。