薪酬管理工作是一件十分復雜的事情，如果出現一些管理措施欠妥，則可能會影響勞資關系的穩定。
1、薪酬管理工作水準低于市場水準
市場上的薪酬管理工作水準是影響企業薪酬管理工作水準的重要因素。如果一個企業自身的薪酬管理工作水準低于市場水準，同時又沒有與之相配合的措施如較高的福利、便利的工作條件、有吸引力的培訓機會等，就很難避免員工流失，直接或間接地影響企業的經濟效益和發展目標。
2、執薪不公，沒有做到同工同酬
如果在企業中出現了同工不同酬，認為自己受到不公正待遇的員工可能會減少自己的投入，降低努力程度，在極端的情況下將發展為辭職。如果這是一名普通的員工，他的做法給企業造成的損失可能不會太大，但有可能是公司的名聲受損。如果這是一名優秀的員工或是一名高級主管，他的消極工作態度，甚至是辭職離去，給企業造成的損失將會不校
3、勞逸不均，人力資源運用不當
如果一家企業中，有的員工一天到晚忙得連喘息的機會都沒有，有的員工卻無事可做，喝茶聊天，其薪酬管理系統肯定存在問題。長此以往，該公司的基層員工都將是牢騷滿腹，造成內部不團結，影響士氣。
4、管理層薪酬管理遠遠高于基層員工
如果出現這種情況，企業的主要干將即基層員工與管理層的關系疏遠甚至僵化，基層員工情緒低落，士氣下降，整個公司將回出現死氣沉沉的局面。
5、沒有依據績效調薪，或績效評核不公平
毫無根據地隨意調薪，或績效評估不公正，都會導致企業員工對企業的薪酬管理系統產生懷疑，以至不滿。
6、薪資拖延發放，計算經常出錯誤
不按時發放薪資，薪資計算經常出錯，都會導致員工對公司的信用產生疑問，很可能使公司名譽遭受損失，也可能是外部投資者對該企業喪失信心。
7、公司利潤未能與員工適當分享
第一、分給員工的過少。這樣可能會導致員工的不滿，影響員工工作的積極性;
第二、分給員工的過多，這樣公司自身留取的盈余可能不能滿足長遠發展的需要，與前者相比，公司的損失更大。
薪酬管理是企業人力資源管理的核心內容。在現代企業管理中，薪酬管理已不僅僅是具有傳統的企業生產成本支出功能的載體，而是已經與企業人力資源開發戰略緊密相聯的管理要素。