目前在一些小型的民營企業當中，在薪酬管理上存在著一些缺點，正是這些缺點導致企業的運營發展受到影響。
總體來說，除了缺乏專業的人力資源從業人員外，小企業在薪酬管理上的缺點主要表現在三個方面：
一、民企薪酬管理支付不合理
眾所周知，薪酬支付是民企薪酬管理的重要組成部分，對員工滿意度高低影響甚重，而小企業在薪酬支付上普遍存在不合理的情況，要么延期支付，要么缺斤短兩，不注重公平，這對于企業的穩定和發展都是極其不利的。
二、民企薪酬管理分配依據不清晰
一般而言，薪酬分配應當有明確的依據和參考，諸多結合崗位、員工個人能力、工作績效、物價水平和企業總業績等情況，這是合理可行的。但部分小企業卻完全沒有這樣做，很多時候連員工自己都不清楚自己的薪酬都怎么來的。
三、民企薪酬管理構成無視激勵
對于小企業來說，經營和發展都離不開員工的貢獻，而且很多時候一個人要做兩個人，甚至三個人的工作量，這時候一定要重視對員工的薪酬激勵，比如可以從民企薪酬管理構成上入手，加大浮動薪酬的比例。但部分小企業顯然沒有這么做，不僅薪酬不變，而且漠不關心，試想哪個員工會愿意長期停留?
民企薪酬管理作為企業人力資源管理的基礎和核心對內，對于企業的穩定和發展具有重要的作用。所以企業要想獲得好的發展，不僅要保證薪酬管理實現公平合理的原則，而且還要注重適時適當的創新。
企業的薪酬管理和戰略規劃關聯緊密，而很多民營企業缺乏戰略規劃，導致員工看不到未來的發展前景，自然薪酬激勵也就起不到應有的效果。其實很多時候員工進入企業工作并不僅僅是為了金錢，還有良好的發展空間、和諧的人際關系等都是非常重要的。
這是很多民營企業的痼疾，因為他們根本就沒有什么企業文化。其實企業文化是非常重要的，它不僅關乎薪酬管理，而且可以有效的引導員工的工作觀和價值觀。
一個真正良性的企業文化所培育出來的員工都是有理想、有目標、講信譽的，他們懂得并愿意為長期利益而暫時放棄眼前的一些利益。而大多數企業由于是沒有意識到企業文化的有效價值，一味的通過物質刺激、利益導向，這樣的短視企業即便一時成功，但不會長久。
如何科學地把握全面薪酬的兩個方面，使它們有機統一起來，是企業經營者經濟面臨的一個難題。一般地來說，外在激勵由于是可量化的，它們可以通過市場競爭來達到一個平均的水平。關鍵是企業要能適時地了解和掌握市場上本行業內各種崗位的各種薪酬方式的平均水平，否則，把握和控制自己公司的薪酬待遇水平就失去了依據。薪酬高了則增加企業成本，低了又吸引不來人。內在的激勵雖然是非貨幣化并難以量化的，但有一部分內容也反映在市場競爭之中，可以通過市場進行了解，如培訓機會、公司名望等。還有一部分內容則完全要靠公司自身不斷地培育和積累，如公司文化、工作環境、公司對個人的名譽表彰等等。