目前在一些小型的民營企業當中，在薪酬管理上存在著一些缺點，正是這些缺點導致企業的運營發展受到影響。 總體來說，除了缺乏專業的人力資源從業人員外，小企業在薪酬管理上的缺點主要表現在三個方面：
一、薪酬支付不合理
眾所周知，薪酬支付是薪酬管理的重要組成部分，對員工滿意度高低影響甚重，而小企業在薪酬支付上普遍存在不合理的情況，要么延期支付，要么缺斤短兩，不注重公平，這對于企業的穩定和發展都是極其不利的。
二、薪酬分配依據不清晰
一般而言，薪酬分配應當有明確的依據和參考，諸多結合崗位、員工個人能力、工作績效、物價水平和企業總業績等情況，這是合理可行的。但部分小企業卻完全沒有這樣做，很多時候連員工自己都不清楚自己的薪酬都怎么來的。
三、薪酬構成無視激勵
對于小企業來說，經營和發展都離不開員工的貢獻，而且很多時候一個人要做兩個人，甚至三個人的工作量，這時候一定要重視對員工的薪酬激勵，比如可以從薪酬構成上入手，加大浮動薪酬的比例。但部分小企業顯然沒有這么做，不僅薪酬不變，而且漠不關心，試想哪個員工會愿意長期停留?
薪酬管理作為企業人力資源管理的基礎和核心對內，對于企業的穩定和發展具有重要的作用。所以企業要想獲得好的發展，不僅要保證薪酬管理實現公平合理的原則，而且還要注重適時適當的創新。