一、市場定位偏低
公司的工資水平合理，相比整個市場和同行業的薪酬狀況具有吸引力，公司的薪酬才具備競爭力，才能吸收優秀的人才。但如果公司薪酬較市場水平明顯偏低，一方面會造成人員嚴重流失，不利于公司內部的穩定。那些教育水平較高，素質相對較好的員工如果得不到可以期望的更高薪酬，則很容易在積累了一定的經驗后跳槽到其他公司；另一方面也不利于高素質人才的加入。其結果是公司不斷招聘新雇員以滿足運作需求的同時，老雇員又不斷離職的惡性循環，這對人力資源是一種很大的浪費。
二、對內不公平
研究發現，人們關心工資差別的程度有時甚于關心工資水平，然而個人能力及其工作職務的區別必然帶來個人薪酬的差別，如何使這種差別做到即鼓勵先進又能被大部分人接受呢？這就要求薪酬必須遵循“公平和公正"的基本原則。不同部門之間或者同一個部門不同人之間，個人的薪酬水平必須反映崗位職責的區別和個人能力的大小，也就是工資差別合理。對比現實中企業內部薪酬，常有以下問題產生：
1、一些部門內部相鄰職位之間薪酬差距太大。某些部門其上級工資可能是其直接下屬的三倍以上；2、與第一種情況相反，有時在同一輔助部門內，上下級之間同屬于管理性職位，下級的工資卻比上級高許多；3、相同的崗位不同人之間的薪酬差距太大。從事相同或類似的工作，承擔相應的責任相仿，但兩人薪酬卻有近一倍的差距；4、公司內部薪酬的不公平，造成不同部門之間以及相同部門個人之間權利與責任不對等，使部分績優職員進行內部比較時心理失衡，嚴重影響士氣，也打擊了個人工作的積極性。
三、通過加班增加工資收入
毋庸置疑，加班工資在個人總收入中占有較大比重。然而，通過付給加班工資來解決職工工資收入的差異，就會使工程技術部門和輔助部門存在較多弊端。這是因為：
1、由于加班工資在工資總額中占的比例較大有時甚至以倍數計算，許多部門主管并非根據實際工作需要對雇員的加班進行調整，而是將加班工資誤用作調整雇員工資收入的手段。
2、統一固定加班時的制度，不能彈性地處理加班的需要，造成平均主義，無法體現按勞分配的原則。總體加班費用支出大，致使雇員整體收入拉低。表現出內部分配的不公平以及與市場的較大的收入差異。
3、大多數雇員對比收入水平時都會將固定的工作時間作為主要的參數。從固定工作時間的角度來看，公司工作時間偏長；而實行責任制的公司，平時工作每天8小時，任務緊急的情況下無償加班。因此，實行責任制的公司固定工作時間要少，但完成的工作任務并不少。雇員在非規定工作時間的工作貢獻應以個人表現的形式在年度薪酬調整中給予考慮。
四、組織結構滯后，崗位不明晰，導致升職加薪不科學
由于缺少科學、客觀的評價標準，職位界定不清晰，崗位說明流于形式。，升職與加薪基本上靠各管理者主觀掌握，裙帶關系以及溜須拍馬盛行，導致以下幾種現象出現：
1、同一個人可能連升三級，但從事同樣工作；2、部門中從事相同工作的職員可以有好幾個不同的級別，薪酬相差更是五六倍；3、生產性部門一個主管可以只負責管理十來個工人，而一個助理主管卻有好幾個助理是其下級，負責管理上百人；4、一個兩百號人的工序可以有四十多個管理人員。
崗位不明確導致各人責權利的不對等，從而也使內部的薪酬嚴重失去平衡，使薪酬矛盾加劇。
五、年資成為主要付酬對象
年資成為付酬導致清潔工可以拿比大學生還高的工資，也形成了同一工作崗位上不同兩人收入相差上倍的咄咄怪事。年資淺的雇員收入水平與市場水平差別較大，普通嚴重偏低，造成流失頻繁；年資長的雇員中部分高于市場水平，并且是連續增長，缺少控制；這種情況的個別高薪與低薪同時存在，造成工資分布兩極分化。
1、年資長的雇員普遍與職位要求的教育水平相比偏低，但這部分雇員經驗較好而且相對較穩定，流失少。
2、年資淺的雇員盡管大部分教育水平符合職位要求，但流動性大，積累的工作經驗不多，形成公司中長年資而又具有較高教育水平的雇員不足。
3、年資長有經驗的雇員教育水平不足，教育水平符合要求的雇員年資淺經驗不足，從而造成公司人員素質水平嚴重失衡，后繼乏人，對公司長遠的發展存在著負面的影響，難以提高公司的整體企業文化和管理水平。
因此，一個追求高效率的公司會鼓勵員工的持續貢獻，但絕不應讓年資左右一個人的工資水平。
六、薪酬體系不合理
薪酬體系是指薪酬的構成，即一個人的工作報酬由哪幾部分構成。一般而言：員工的薪酬包括以下幾大主要部分：基本薪酬（即本薪）、獎金、津貼、福利、保險五大部分。
1、本薪。在公司內部，員工之間的基本薪酬差異是明顯的，一般能升不能降，表現出較強的剛性。企業中常出現的問題包括以下兩方面：部分職位本薪大大低于市場水平，解決個人收入差異主要靠加班；某些年資長者本薪過高，對這部分人薪酬失去了彈性。