用人單位無考勤制度
在企業用工實踐中，用人單位對勞動者進行管理約束最基本的手段，就是要求員工按時上下班，這也是企業對員工實施有效管理的重要前提。因此，大多數用人單位都有相對系統的考勤管理制度，以便對員工出勤狀況實行有效的監督和管理。
但另一方面，用人單位不實施考勤的現象也不少見：有些是因為公司規模較小、剛成立等原因，導致企業考勤管理處于空白期;也有些規模較大、管理比較規范的企業，對司機、外勤銷售人員、24小時輪值班人員等部分特殊崗位缺乏認識，以為這類崗位無法考勤或者沒有必要，而不實施考勤管理，這些都直接或間接地為用工風險埋下隱患。
在勞動爭議案件中，涉及出勤時間的爭議非常多見，如加班費爭議、曠工爭議、拖欠勞動報酬等爭議，都直接或間接地與出勤時間的確認有關。如果企業未實施考勤，將無法提供有效的考勤記錄，而考勤制度是企業的一項基礎管理工作，用人單位對其員工在本單位的出勤情況應負有舉證責任。若無法提供考勤記錄，則仲裁機構或法院將可能采信員工的主張。屆時是否加班、加班時間長短、是否曠工等均由不得用人單位做主，顯然，這是任何用人單位都不愿意看到的局面。
多重考勤方式并存
當前科技迅猛發展，考勤方式也日新月異，從紙片打卡機考勤到射頻IC卡打卡考勤，從指紋打卡考勤到人臉識別考勤，不一而足。雖然企業大都執行單一的考勤方式，但多重考勤方式并存的企業也不占少數。個別用人單位為了減少電子考勤的差錯(如漏打卡、設備損害、設備誤差等)，還另外增加了手工考勤方式，而這兩種考勤方式在記錄結果上很可能存在較大差異。
在許多加班工資爭議案件中，用人單位主張將手工考勤作為認定工作時間的依據，而勞動者則主張以電子考勤為準。管理上的不嚴謹導致考勤記錄的不明確性，用人單位應當承擔主要責任。很多用人單位對出勤時間的認定標準并無制度規定或合同約定，這也導致在實際的爭議處理中，仲裁員或法官會從有利于勞動者角度考慮。
考勤規定不明確
企業的考勤制度往往涉及工時制度、工作時間安排、加班的申請程序等，如果這些內容不夠明確或與勞動合同存在沖突，同樣會為勞動爭議埋下隱患。
問題之一，是企業考勤規定沒有規定工作時間的統計及確認方法，由于工作時間直接涉及薪資結算，往往直接影響到勞動者權益，故用人單位應當加以明確。如門禁記錄是否作為統計工作時間的依據、員工的考勤記錄是否須經相關部門核對校準。如果規定明確的話，將大大減少爭議發生的可能性。
問題之二，是企業考勤規定往往忽視對休息時間的安排。有些單位規定每天工作9小時，并未規定中間有1小時休息時間。但員工可能以為存在1小時加班時間而申請仲裁，盡管員工并不一定勝訴，但仲裁本身也消耗了企業的管理成本。特別是對制造業企業而言，對于“工間休息時間”更應有明確的規定。
問題之三，是企業考勤規定忽視對加班的認定標準。加班是否須經審批?員工超時工作究竟是個人行為，還是公司行為?這方面問題往往是勞動爭議中非常常見的爭論焦點。用人單位明確加班須經審批的程序，可以避免員工因個人原因超時工作而索要加班費的情況。
缺勤記錄未注明事由
在企業日常考勤管理當中，員工因病假、事假等缺勤是常有的事，但若對缺勤缺乏明確的標準，那么員工是否屬于曠工、是否屬于休假、休了什么假等，都將成為疑問。
《職工帶薪年休假條例》規定，職工連續工作1年以上，用人單位應當安排職工休假。如未休假，則用人單位應當支付未休年假的三倍工資。在年假爭議的案件類型中，由于用人單位在休假安排上居主導地位，故對是否已休假、休了多少天假，均應由用人單位舉證。若缺乏相應的缺勤記錄，用人單位將處于極為不利的境地。已休過假的員工也可能主張未休年假的三倍工資，如沒有其他證據，則用人單位極有可能敗訴。而涉及加班調休的爭議中，有些用人單位的考勤記錄只記載了調休的日期，而未注明是哪一時間段的加班調休，在具體爭議中，用人單位或稱2010年的加班已在2010年安排調休，而勞動者則主張2010年的調休日期是針對2009年的加班。對這些問題若用人單位不能給予合理解釋，都有可能要承擔不利后果。
所以，缺勤記錄應明確事由，必須做到對出勤狀態的精確掌控。
考勤記錄無簽名核對
考勤記錄是勞動爭議當中的典型證據形式，而該類證據的真實性、關聯性也是各方爭論的焦點。其中最典型的爭議是，沒有員工簽字確認的考勤記錄是否具有證明效力。
考勤記錄關乎員工的工資休假等權益，對其真實性的判斷至關重要。而用人單位提供的考勤記錄是否屬于原始證據、是否形成于當時、是否具有更改可能性、是否經員工簽字確認等，都是判斷考勤記錄真實與否的重要標準。
通常，人工考勤記錄往往有部門主管簽字，這些證據也往往形成于當時，事后補救可以通過特殊手段(司法鑒定等)加以驗證，若無員工簽字必然導致該證據無效。而電子考勤記錄則不然，其具有物質依賴性和易更改性，企業出示的往往都是電子考勤記錄的打印件。而未經員工簽字確認的打印件，從證據形式上看，其屬于非原始證據，而該打印件是否與原始保存的考勤記錄完全一致是值得懷疑的。
因此，在司法實踐中，用人單位需要提供其他證據加以佐證電子考勤記錄打印件的真實性，如制作考勤記錄導出過程的視頻，以證明該證據的形成過程是真實的，如提供工資發放情況與考勤記錄核對。若不能提供其他證據加以佐證，或者其他證據存在自相矛盾之處，則用人單位將面臨訴訟風險。從控制風險角度來看，電子考勤記錄定期交由員工簽字，是確保考勤記錄真實、合法、有效的重要手段。
考勤記錄疏于保管
在勞動爭議案件中，與考勤記錄相關的曠工爭議、加班費爭議往往存在仲裁時效限制。但時效限制的背后，卻要求用人單位務必要保管相關的管理文件，考勤記錄便是其中之一。
舉例來說，員工主張離職前5年的加班費，那么對爭議發生前2年的考勤記錄，用人單位負有舉證義務。若勞動者能舉證證明用人單位掌握管理考勤記錄，則用人單位應當提供該勞動者2年內的考勤記錄，不能提供的將承擔不利后果。有些用人單位以為離職員工已經不是公司的人了，所以對其過往的資料疏于保管，或銷毀或遺棄，一旦涉訴，則往往面臨舉證不足的問題。那么，考勤記錄應該保存多久呢?
對于主動離職、合同期滿終止、與單位協商解除合同的離職員工，筆者建議最低保管期限為1年(自員工離職之日起計算)，因該類員工發生勞動爭議的概率較小。而對于單位單方辭退、被動離職的職工，筆者建議保管期限為2年。以上均需要保存該員工在職期間的所有考勤資料。
考勤規定與實際處理不一致
企業員工關系管理應當做到“有法必依、執法必嚴”，否則所有的制度規定都將形同虛設，更不利于建立管理威信，更重要的是，還會制造各種訴訟風險，而企業的考勤管理規定與實際執行情況便是其中之一。
如，大多數企業對曠工行為都做出了相應的懲處規定，或扣減工資或給予書面警告等，有些單位一方面認定員工曠工，另一方面卻正常發放工資，這就導致企業對該缺勤記錄判斷和實際處理發生偏差。如果員工主張休假且領導口頭同意，則勢必“曠工”難以認定。
又如，有些公司規定，員工請假需書面申請并經人力資源部批準，超過10天假期應當經總經理書面批準。但這些規定在實際操作中卻變成“請假口頭化，審批口頭化”，有些部門主管甚至代行人力資源部職權，直接批準員工請假。久而久之，請假手續和相關統計極為混亂，甚至造成薪資計算的差錯，為勞動爭議埋下伏筆。
以上，足以說明用人單位在員工管理上必須做到“言行一致”、“權責統一”，否則，既不利于管理，也不利于風險控制。
未及時申報、續延特殊工時制