薪酬管理是企業整體人力資源管理體系的重要組成部分，是在組織發展戰略指導下，對員工薪酬支付原則、薪酬策略、薪酬水平、薪酬結構、薪酬構成進行確定、分配和調整的動態管理過程。
而股權激勵是對員工進行長期激勵的眾多方法之一，屬于期權激勵的范疇，是一種通過經營者獲得公司股權形式給予企業經營者一定的經濟權利，使他們能夠以股東的身份參與企業決策﹑分享利潤﹑承擔風險，從而勤勉盡責地為公司的長期發展服務的一種激勵方法。
其中有四大對比可以顯示兩者的不同：
一：員工收入
薪酬管理：員工的收入結構以工資、提成和獎金為主，獎金的性質決定了是優秀者才能得到。另外，員工的薪酬收入由當地同行業水平來決定，薪酬收入屬于公司的成本費用，一般員工的總收入略高于同行業就已經很不錯了。所以，老板給出薪酬和獎金后，總是希望把和收入掛鉤的指標做到盡量高，實現老板利益最大化，而經理人則希望拿同樣的錢少干事，于是形成了和老板的博弈。
股權激勵：股權激勵制度下，激勵對象收入以身股和銀股分紅為主。分紅與多創造的利潤掛鉤，只要企業和員工共同多創造了價值，就可以分紅，是一種上不封頂，穩定、公開、公平的利益共享機制。
二：勞資關系
薪酬管理：勞資對抗，你多我少：薪酬從成本費用中扣除，員工收入和老板的收入之間是你多我少的關系，所以會存在勞資對抗的經濟基礎，并且員工不占有股權和分紅，也就沒有動力主動控制成本費用，勞資之間是對抗關系。
股權激勵：勞資一體，共同努力：在公司和員工過去收益固化的基礎上，股權激勵創造一種勞資共享收益的制度，經理人有動力去控制成本費用，增加業績，創造更多的利潤。
三：管理特征
薪酬管理：老板為頂級，從上到下命令式管理，基本消滅了老板以外所有人的主觀能動性。老板用防范壞人的方式來管理企業，就必須借用大量報表、會議，用人對人的直接管理來維持效率和忠誠。因此，只有用七八個人為一個層次的直接管理半徑，才能使效率傳遞并安全。這使企業管理成本在企業成長時劇增，多數企業都會產生嚴重的臃員。
股權激勵：強調自我管理：用股權共享的方式按利潤中心實施激勵，將打工的頭領模擬為老板，使管理變得簡單易行，這就像社員當年種自留地一樣高效。也可使大量的報表、會議在自己管理自己的過程中被削減，形成扁平化的治理結構，使企業找到夫妻店效率+沃爾瑪規模的高效路徑。
四：監制機制
薪酬管理：薪酬注重的是分級管理，其關注重點在“一把手”。由于機制設計偏重從上到下的機理，對“一把手”的貪污浪費，其他人就沒有對抗和揭發的動力，缺少了下級對上級的監督，從而難有自我約束的機制。
股權激勵：股權激勵強調自我管理、自我約束。所以，“一把手”以外的人員仍有10%-20%的激勵。這便可以產生下級對上級的監督，從而完善自我約束的機制。也會使公司從上到下的財務監督和管理變得簡單易行、成本低廉。