關于印發推進縣級公立醫院綜合改革的意見》分總體要求，改革管理體制，建立科學補償機制，完善藥品供應保障制度，改革醫保支付制度，深化人事、分配制度改革，加強醫院管理，提升服務能力，加強上下聯動，強化服務監管，加強組織實施11部分。其中，明確要求深化人事、分配制度等改革：
合理核定編制
各地可結合實際研究制訂縣級公立醫院人員編制標準，合理核定縣級公立醫院人員編制總量，并進行動態調整，逐步實行編制備案制。
改革人事制度
落實縣級公立醫院用人自主權，新進人員實行公開招聘。優化人員結構，按標準合理配置醫師、護士、藥師和技術人員、管理人員以及必要的后勤保障人員。全面推行聘用制度和崗位管理制度，堅持按需設崗、競聘上崗、按崗聘用、合同管理，實行定編定崗不固定人員，變身份管理為崗位管理，建立能進能出、能上能下的靈活用人機制。結合實際妥善安置未聘人員。完善縣級公立醫院醫務人員參加社會保險制度，為促進人才合理流動創造條件。
建立適應行業特點的薪酬制度
結合醫療行業特點，建立公立醫院薪酬制度，完善收入分配激勵約束機制。根據績效考核結果，做到多勞多得、優績優酬、同工同酬，重點向臨床一線、關鍵崗位、業務骨干和作出突出貢獻的人員傾斜，合理拉開收入差距。嚴禁給醫務人員設定創收指標，嚴禁將醫務人員收入與醫院的藥品、檢查、治療等收入掛鉤。允許公立醫院醫生通過多點執業獲取合規報酬。
建立科學的績效評價機制
制訂縣級公立醫院績效考核辦法，將醫院的公益性質、運行效率、群眾滿意度等作為考核的重要指標，考核結果與醫保支付、財政補助、工資水平等掛鉤，并向社會公開。把醫務人員提供服務的數量、質量、技術難度和患者滿意度等作為重要指標，建立以社會效益、工作效率為核心的人員績效考核制度。完善院長激勵和約束機制，嚴禁將院長收入與醫院的經濟收入直接掛鉤。
優化內部運行管理
完善以安全、質量和效率為中心的管理制度，加強成本核算，建立健全成本責任制度，強化成本控制意識。嚴格執行醫院財務會計制度，探索實行總會計師制。健全財務分析和報告制度，對醫院經濟運行和財務活動實施會計監督，加強經濟運行分析與監測、國有資產管理等工作。健全內部控制制度，建立健全醫院財務審計和醫院院長經濟責任審計制度。