績效指標設計的目的是通過績效指標、目標值以及與目標實現相關的獎懲激勵來促使員工表現出與企業期望相一致的工作行為，從而推動企業整體目標的實現。不過在員工績效指標設計的過程中，有一些難點，如果不加解決，則可能導致企業績效管理的失效。
其中第一個難點就在于設計績效指標是為了更好推動工作的有效開展，根據企業戰略目標要求和業務、管理的實際水平，“靈活選擇、使用指標”才是目的，但是企業常常會把“提高指標的完成率"當成目的，而忽略設置該績效指標的初衷，在管理活動或者業務活動有所變化的情況下，不考慮當前的績效指標設置是否合適，而是基本保持指標不變，滿足于有指標即可，過于僵化。
因此，要避免這種情況，企業管理者需要經�？紤]以下問題：企業的關鍵價值活動是什么?應該設置什么樣的績效目標來衡量這些價值活動?當前指標的選擇是否合適?是否有更合適的績效指標?并將考慮的結果落實到績效指標設計中去。
第二個難點就是關鍵指標和關注指標混為一談，“指標過多、過濫”是另外一種常見的現象，一般在進行績效指標設計時，企業會根據公司目標、部門職能、員工職責來設計相對完整的績效指標體系，然后按照一定的原則來選擇具體的績效指標進行跟蹤。管理者應把衡量企業關鍵價值活動的“關鍵指標”作為工作重點，而把其他指標作為“關注指標”，對于“關注指標”，在其出現較大偏差時進行及時處理即可，切忌胡子眉毛一把抓，將資源和力量像撒胡椒面一樣分散使用，從而導致勞而無功。
第三個難點在于指標間缺乏一定的關聯性，只有通過“關鍵指標”的層層分解，將企業的關鍵價值活動落實為員工的具體工作活動，才有可能實現企業的預期目標。因此管理者在設定績效指標時，應告訴員工各績效指標設置的出發點和目的，使得員工能夠理解其績效指標對企業的價值，從而增強員工實現績效目標的動力。
第四個難點就是過于強調量化。設置績效指標的目的是為了推進企業關鍵價值活動的開展，量化或非量化是績效指標表現形式。對任何一項業務活動，既可以從活動結果的角度進行衡量，也可以從活動過程的角度進行衡量，具體選擇哪種衡量方式，依賴于該項工作活動的特性。如果該項工作的獨立性較強且結果容易量化，則量化指標是一種很好的選擇。
然而，如果只是為了便于考核而選擇了一個不太貼切的量化指標，則可能得不償失，失去了績效指標設置對員工行為的引導作用，績效指標既界定了員工努力的方向，也界定了員工需要努力的程度，是企業績效管理的核心，也是企業管理者統一員工行動的重要工具。為了設置出合適的績效指標，管理者要經常自問各種行為、行動的目的。
筆者認為只有不斷地進行思考，才有可能不斷地清晰化企業的關鍵價值活動，設計出合適的績效指標，從而為員工工作的開展指明方向，進而實現企業的不斷發展。