傳統企業大學很難做到兩個目標之間平衡問題，即企業目標和企業大學目標。企業目標中的企業發展戰略體系、愿景、使命和宗旨很難與企業大學目標中的職能部門、知識生產、人才培養、辦學模式、師資隊伍、產品(與教育和培訓有關的)研發策略很難深度耦合，主要原因在于組織結構設計科學性問題，組織結構設計需要考慮將企業目標和企業大學目標進行深度融合，在企業和企業大學中的人、事和物之間高度匹配，具有高度黏性，在政策、制度和資源分配上要保持一致。無法保持一致，二者勢必相互影響，導致低效運營，很難實現企業戰略體系目標產出。
人才輸出企業發展戰略體系產出目標：高績效企業大學運營產出目標之一就是人才輸出，企業大學以“教育”和“管理實踐”為本，對企業發展不同階段培養和輸出符合企業發展階段需要的高素質人才和員工隊伍，解決企業在企業發展戰略體系執行和企業發展戰略體系轉型與創新過程中缺乏高素質員工隊伍的難題，把企業文化、員工能力和組織發展融入到企業大學愿景和使命中，提升企業大學知識更新、管理能力提升和參與企業發展戰略體系能力提升計劃中。
改善績效企業發展戰略體系產出目標：高績效企業大學具有幫助企業改善績效的功能，傳統的人力資源管理的培訓與開發職能活動具有相似的作用，但從服務企業整體績效改善方面，企業培訓部門已經無法滿足這一需求，也無法為企業構建一個更高的平臺從企業發展戰略體系上改善組織績效，企業急需構建高績效企業大學這一平臺實現組織績效跨越的使命。
構建學習型組織企業發展戰略體系產出目標：高績效企業大學本身就是一個生產知識和智慧的部門組織形式，高績效企業大學本身的象征和引領作用就是引導企業走向學習型組織。企業大學在幫助企業解讀愿景、使命、團隊管理以及組織心智模式方面，帶領企業走向學習型組織，提升企業競爭力方面具有獨到的價值。
知識生產企業發展戰略體系產出目標：對高績效企業大學評估的一個重要標準就是為企業創造無形價值，其中主要以知識生產作為主要標準，表現在為組織員工提供與企業發展戰略體系有關的學習開發計劃、管理技能提升計劃、知識和經驗分享計劃等，需要通過企業大學進行課程和課業規劃、教師講師隊伍構建、教材研發等活動促進上述知識生產過程的實現。
強化企業內外利益相關方關系企業發展戰略體系產出目標：企業大學作為一個無形的“組織”和溝通的平臺，在強化內部員工關系和外部利益相關方之間的關系都具有重要價值。通過員工到企業大學參加學習和培訓，加強員工之間的知識、經驗和技術分享，強化員工之間的溝通。企業大學通過與政府、社區之間的合作，加強與它們之間的關系，在企業、政府與市場之間起到潤滑作用。
公關與傳播企業發展戰略體系產出目標：企業大學本身就具備品牌效應，企業大學在眾多企業大學之間具有較強的市場競爭優勢，這不僅能夠獲取更多的與企業競爭優勢有關的資源，企業大學把這些資源整合于企業和企業大學之中，實現企業發展戰略體系競爭力，給企業和企業大學聲譽增加很多無形資產。同時，具有較高聲譽的企業大學能夠將企業、政府、社會和市場緊密聯系在一起，企業大學通過自身的影響力可以正面傳播企業形象，將企業文化、品牌和理念傳遞到企業利益相關方，達到溝通和提升企業聲譽的作用。