目前公立醫院工資結構是由崗位工資、薪級工資、績效工資、津補貼、獎金等幾部分構成。崗位工資目前全部按個人所任職務對應最低檔執行;薪級工資是根據職工個人任職年限和工作年限確定，績效工資是按職工工改前原工資的一定比例測算，實行總量控制，單位自主分配;津貼補貼是按國家有關規定標準執行;獎金是指一年獎一個月的工資。從工資結構中可以看出，目前雖然實行的工資制度，仍是一種基于靜態個人論資排輩的分配制度，忽視了實際能力的大小與現實貢獻的多少，不能充分體現多勞多得的分配原則，因此難以有效建立和發揮績效工資分配制度的激勵機制，造成新的大鍋飯和平均主義。這種弊端主要表現在以下幾個方面：
1、重資歷和工作年限，對現實貢獻考慮過少
由于目前的工資體系制定，主要依據個人的學歷、職稱、任職時間、工齡等基本條件，相同職稱和年限的職工，不論其工作崗位的重要性，其承擔的責任和勞動強度的差別，更不論其實際工作的態度、效率與綜合效益的不同，彼此之間收入差距僅在獎金方面稍有體現，形成了新形勢下的平均主義，也不能有效的發揮正面激勵作用。
2、 醫院工資分配的不公平性
現行的工資分配制度是按照學歷、工齡、職稱等條件確定，不能與員工的實際技能和經驗有效的關聯起來，造成工資不能以實際業績為依據分配，也不能充分考慮技術風險、勞動強度等因素，不能完全體現“多勞多得”“優勞優得的分配原則。
3、對高尖端人才工資分配困難?
公立醫院職工工資水平大致相當，沒有合理的拉開差距，對于高端人才工資待遇缺乏吸引力，有的雖說適當拉開的差距，但與外部的待遇差距仍然較大，這些人才為了實現個人價值，到處走穴創收，既影響了本單位的工作，長此以往，也不利于穩定和留住人才。
公立醫院績效工資制度存在的問題
1、薪酬工資體系設計滯后
現有公立醫院的人事體制是國家定編定員，實際工作中，醫院用人自主權受到許多方面限制，醫院為了發展除了近年聘用的合同制員工工資靈活以外，其定編的正式員工工資結構是由國家統一規定的崗位工資、薪級工資、績效工資、津補貼、獎金等幾部分構成。政府工資體系設計主要充分考慮的是公平性原則，重職稱學歷，效率原則兼顧不夠，并且薪酬級差過小，造成醫務工作薪酬不具備市場公平性，特別是醫療服務價格體系不合理，醫務工作者的合法收入不能體現勞務價值，由于醫療糾紛風險的加大，或者追求利益的動機，很容易出現亂檢查、多開藥等道德風險現象。
2、工資分配不能充分體現按勞分配的原則
目前雖然實行的工資制度，績效工資部分單位可以自主分配，但在實際工作中，由于醫院工資體系是國家統一制定，醫院只能被動執行，工資體系里體現多勞多得的效益工資的比例，所占比例不高，內部分配不能合理拉開距離。效益好的醫院基本上作為固定基礎工資發放，另外再提取績效獎金，效益不好的醫院標準工資發放一部分，一部分按照績效考核計算獎金。由于用于激勵分配總額的有限性，不能充分體現按勞分配、多勞多得、優勞優得的原則，不能達到合理拉開差距、打破大鍋飯、激勵員工的目的，造成了新的大鍋飯、平均主義。
3、 績效工資分配不能充分考慮實際工作能力
由于檔案工資不論其工作崗位的重要性，其承擔的責任和勞動強度的差別，實際技能和經驗，更不論其實際工作的態度、效率與綜合效益的不同，彼此之間收入差距僅在獎金方面稍有體現，不能以實際工作能力為依據分配，也不能充分考慮技術風險、勞動強度等因素，工資分配不能與實際從事工作的崗位工作能力、實際貢獻直接關聯，因此難以有效建立和發揮績效工資分配制度的激勵機制。