一、 不能正確認識與理解績效管理
在企業高層中，往往存在兩種認識，一是理想主義——認為通過績效管理，所有人員的工作熱情和積極性就可以調動起來;二是片面的想法——認為績效管理只是HR部門的事情。
實際上，企業能否打造一支高效率的員工隊伍不是單靠績效管理一個手段也并非單靠人力資源一個部門可以實現的，這需要公司有一個完整的營銷體系和配套資源來保證。如果企業老板沒有這方面的認知與準備，而作為公司績效管理的職能部門——HR部門又不能與老板進行有效溝通與說服，盡力取得老板的支持，讓老板正確理解績效管理的內涵，績效管理難見成效是必然的。
二、 公司目標、部門目標與個人目標不能良好結合
由于績效管理是以企業戰略為導向的管理體系，因此在企業的經營與管理過程中，企業目標能否有效分解為部門目標，部門目標能否有效分解為個人目標，同時企業目標及分解后的部門目標與個人目標是否協調一致，直接關系到績效管理實施的執行力度與效果。譬如：某企業的戰略目標是要爭做農藥行業的第一品牌，公司從生產工藝與設備、辦公環境、規劃與管理體系應該說都是向行業一流的標準靠近的，但員工的薪資水平卻始終停留在國內二三流企業的水平，甚至連一些小企業的員工待遇都不到，試問這樣的企業實行績效管理如何有效?
三、 職能缺位
由于管理者沒有意識到績效管理是一個系統的管理工作，部分民營企業內人力資源經理地位尷尬、主要職能仍舊停留在操作層面，許多人力資源經理只做招聘、人事檔案與薪資管理，人力資源管理職能的不完善是一個主要問題。
另外，HR部門很少參與到業務部門績效考核，考核缺乏公正且容易流于形式，加上部分HR對績效管理還缺乏系統的認識，對績效管理的整個流程缺乏全面了解，由于自身崗位技能缺乏，導致績效管理無法得到有效的實施。
四、 考核指標不合理
考核指標難以量化，要么沒有標準，要么標準過多，難以執行。一些企業甚至專門聘請咨詢公司做績效管理手冊，成效不一，有一些咨詢公司設計出來的考核指標存在過于繁瑣、以及不科學、不合理、不嚴謹等問題，企業在實際運用過程中發生越考核越亂、越考核矛盾越突出的現象。
一般來講，考核指標不合理主要表現在四個方面：一是指標過高，員工覺得完成的幾率很低，干脆放棄;二是指標過低，很容易就可以實現，起不到激勵的作用;三是指標有沖突，使得工作很難開展，如在農藥行業銷售旺季同時考核銷量與資金周轉率等;四是指標一刀切導致考核缺乏公正性，我們可以從兩個方面來看這個問題——
不同區域考核指針一刀切：全國一盤棋，這種方式表面上看是對大家一視同仁，其實是最不科學的。中國市場地域遼闊，南北東西經濟、文化、消費習慣等都有很大的差異，采用統一的考核指針必然導致區域之間的不公平，影響銷售人員的積極性。
同一區域的不同市場考核指標一刀切：同樣道理，在企業里，人力資源部門與銷售管理部門進行的是第一層面的考核，而覆蓋面更廣，影響更大的往往是對第二層面、第三層面的考核，即企業基層員工的考核;這就需要作為公司第一層面的區域市場對所屬員工進行富有成效的考核，而同樣沿襲公司全國一盤棋的考核方式在區域內實施必然導致考核無力。
不管是不同區域還是同一區域的不同市場，實際上都存在市場基礎不一樣、銷售模式不同等諸多差異，企業銷售部門與人力資源部門對其軟硬指針都不能采用一刀切的考核模式。
五、 重結果，輕過程
大部分民營企業尤其是處于創業階段的民企往往對銷售人員采用結果導向的考核方式，很多民企老板在例行的營銷會議上都會說這句話：“我不管你是怎么做的，我要的是最終結果!” 因此，一些企業在特定階段對銷售財務指標進行統計，再與初期制訂的目標進行對比，依據最終結果對銷售人員蓋棺定論。
這種重結果、輕過程的績效管理方式導致了兩個主要的弊端：一是銷售人員為了完成財務指標，彰顯業績，往往只重眼前利益，不顧以后的發展，這就造就了整個企業的短視行為，銷售業績剛開始總是很高，由于市場資源與政策資源的過度透支，業績開始慢慢下滑，最終不可挽回;另一方面，由于不重視關鍵業務過程，使得員工的行為方式千差萬別，沒有統一性和約束性，工作水平也僅靠個人發揮，公司缺乏整體引導與過程管控，最終使得企業的市場運做不可控，員工素質也得不到提升。
六、 非業績驅動的感性考核
縱觀我國民營企業的核心管理層，基本上屬于任人唯親的家族管理模式，用親人為了穩定，用賢人為了發展，只要這兩者能良性配合也不失為民企用人哲學，該模式沒有絕對的好壞之分，從創業伊始企業核心成員形成的做事風格與做人觀念逐步形成了民企特有的價值觀和企業文化，能否認同這種價值觀和文化成為企業老板評價員工的標尺，事實上也就意味著能否適應企業主的做事風格與為人準則成為員工能否獲得認同的關鍵要素，在此基礎上才是員工個人能力與業績的考核。
因此，在這樣的環境下，人力資源部門的管理職能往往變成以老板或關鍵管理層意識形態為導向的畸形管理，企業出現三類人——
優秀的人，即認同企業文化、適應老板與管理層風格且業績突出;
親信及貼心的人：與老板或管理層關系好，能力多少有點的，但并不重要因素;
得不到認同的人，業績好也好，不好也罷，總之不能適應管理層風格。
我們來看，這種非業績驅動的感性考核給企業帶來了什么樣的危害呢?優秀的人總是少的，這部分人才成為公司的稀缺資源理所當然得以重用。接下來我們再看，一些深得老板寵信的權術之輩占據著中層甚至相當關鍵的管理崗位，而那些一心做事，業績不錯但由于缺乏上層溝通或個人風格與領導風格迥異使其最終得不到管理層的認可，最終變得要么消極工作要么離職走人。由于企業內缺乏任人唯賢、唯才是舉的用人機制，非業績驅動的感性考核造成公司人才資源的浪費與流失。
七、 考核系統不夠完善
很多企業都存在這樣一個怪異的現象：公司定了一套考核系統，而在一個階段的考核結束后卻發現原來好的員工并沒有因此變的更優秀，而不好的員工也沒有向好的方向發展，這是為什么?究竟怎么做才能有效呢?追根溯源，除了上述講到的幾點之外，企業還應該考慮是否存在以下問題：
考核方式是否單一?很多人以為設計幾張考核表就可以了。事實上絕大多數的民營企業采用的也都是單一的層級考核方式，即上一級對下一級實施考核，將考核結果填表上交公司人力資源部門。這就猶如我們用照相機拍攝一個物品，從一個角度看到的總是不全面的，而企業單一的考核方式一方面助長了層級間的溝通壁壘與官僚氣息，另一方面使得被考核人投機取巧，誰考核我我就表現給誰看!更嚴重的甚至形成組織內的小團體、小幫派!
考核是否及時?小李進公司之初，懷著一腔熱血與理想，想好好做出一番成績，在職位、收入與個人價值上得到提升。可沒有想到的是，到公司兩個多月，發現公司人才結構良莠不齊，組織體系與管理相對渙散，加上其直接上級處處壓制他這個新進員工，雖然自己做了一些卓有成效的工作但卻得不到上級與部門主管的認同，于是難免產生幾分失落，他嘗試著找人力部門談過一次話，但卻被一句“你剛來，多做多學”給打了回去，在隨后的日子里，上司與公司主管也沒有主動找他談話，小李對自己是否應該繼續留下來也產生了疑慮……