目前部分企業中，尤其是民營企業，普遍在薪酬管理上存在一定的不合理，這些不合理導致薪酬管理最終難以呈現出很好的效果。
第一、薪酬水平低于市場
這也是在薪酬管理不合理中比較普遍的一種現象，在這種情況下，企業的薪酬管理是毫無市場競爭力可言的，當然對于企業吸引和留住人才也是極其不利的。
第二、對公平重視程度不夠
公平原則是薪酬管理最重要和最基本的原則，但是由于部分企業對于薪酬管理的公平性重視不夠，導致企業的員工流失率偏高，員工工作積極性和滿意度低下，嚴重制約了企業的穩定和發展。
第三、不依據績效和能力調薪
但凡企業進行調薪，都是需要按照一定依據的，而不是盲目進行，除了要積極參與薪酬調查之外，還需要更多的依靠績效和能力定薪酬，這也是企業薪酬管理中一個比較關鍵的環節。
第四、薪酬支付不及時
企業薪酬支付可以說是薪酬管理最后一個環節，但恰恰在這一環節最容易出問題，有些企業故意拖欠或者不及時進行薪酬的支付，這會讓員工對企業產生不滿情緒，最后不僅不利于員工，也會損害企業的形象。
第五、企業利潤不與員工分享
企業的盈利顯然離不開員工的貢獻，所以企業的盈利自然需要與員工進行分享，只有不怕和員工分錢的企業老板才是好老板，才能讓企業的發展更好。
薪酬是企業吸引人才、留住人才很重要的一個條件。薪酬管理要為實現薪酬管理目標服務，薪酬管理目標是基于人力資源戰略設立的，而人力資源戰略服從于企業發展戰略。