目前部分企業中，尤其是民營企業，普遍在薪酬管理上存在一定的不合理，這些不合理導致薪酬管理最終難以呈現出很好的效果。
一、薪酬水平低于市場
這也是在薪酬管理不合理中比較普遍的一種現象，在這種情況下，企業的薪酬管理是毫無市場競爭力可言的，當然對于企業吸引和留住人才也是極其不利的。
二、對公平重視程度不夠
公平原則是薪酬管理最重要和最基本的原則，但是由于部分企業對于薪酬管理的公平性重視不夠，導致企業的員工流失率偏高，員工工作積極性和滿意度低下，嚴重制約了企業的穩定和發展。
三、不依據績效和能力調薪
但凡企業進行調薪，都是需要按照一定依據的，而不是盲目進行，除了要積極參與薪酬調查之外，還需要更多的依靠績效和能力定薪酬，這也是企業薪酬管理中一個比較關鍵的環節。
四、薪酬支付不及時
企業薪酬支付可以說是薪酬管理最后一個環節，但恰恰在這一環節最容易出問題，有些企業故意拖欠或者不及時進行薪酬的支付，這會讓員工對企業產生不滿情緒，最后不僅不利于基層員工，也會損害企業的形象。
五、企業利潤不與員工分享
企業的盈利顯然離不開員工的貢獻，所以企業的盈利自然需要與員工進行分享，只有不怕和員工分錢的企業老板才是好老板，才能讓企業的發展更好。
薪酬是企業吸引人才、留住人才很重要的一個條件。薪酬管理要為實現薪酬管理目標服務，薪酬管理目標是基于人力資源戰略設立的，而人力資源戰略服從于企業發展戰略。
薪酬管理是人力資源管理中一個難點，薪酬管理政策也是公司員工最關心的公司政策之一。在制定新的薪酬政策時，人力資源部門會廣泛深入的進行各種調查，并與上級領導反復討論，經過多次修改。雖然薪酬管理是人力資源部門最費心思的事情，但結果常常卻不能讓員工滿意。
敏感性薪酬管理是人力資源管理中最敏感的部分，因為它牽扯到公司每一位員工的切身利益。特別是在人們的生存質量還不是很高的情況下，薪酬直接影響者他們的生活水平;另外，薪酬是員工在公司工作能力和水平的直接體現，員工往往通過薪酬水平來衡量自己在公司中的地位。所以薪酬問題對每一位員工都會很敏感。
滿意度的重要性及決定因素員工對薪酬管理的滿意程度是衡量薪酬管理水平高低的最主要標準。讓員工對薪酬滿意，使其能更好的為公司工作，是進行薪酬管理的根本目的。員工對薪酬管理的滿意程度越高，薪酬的激勵效果就越明顯，員工就會更好的工作，于是就會得到更高的薪酬，這是一種正向循環;如果員工對薪酬的滿意程度較低，則會陷入了負向循環，常此以往，會造成員工的流失。員工對薪酬管理的滿意度，取決于薪酬的社會平均比較和公平度。