1、薪酬制度不規范、彈性差
很多中小企業沒有形成科學合理的薪酬管理制度，員工的工資標準約定俗成或由企業領導隨意確定，員工的各種工資性項目的核算缺乏明確的依據和科學的方法，員工無法通過薪酬制度來了解自己的大致收人。彈性差主要指薪酬結構中不同層次和不同崗位員工的工資水平等級較少，在工資體系中與員工績效或企業效益掛鉤的項目較少，總體上表現出員工之間的工資差距較小以及員工的工資基本沒有起伏的現象。
2、薪酬方案沒有得到及時有效的調整
國內很多中小型企業往往不夠重視調整和優化工資體系工作，薪酬系統一旦確定后就長期執行，結果使薪酬本身失去了應有的激勵作用，或者是等到暴露出大量問題后不得不進行調整。有的企業雖然及時調整了薪酬方案，但新的方案沒有在原來的基礎上進一步優化，依然存在不科學的因素，有的甚至帶來新的矛盾。
3、忽視薪酬溝通環節
現在許多中小企業都采用薪酬保密制，提薪或獎金發放不公開，使得員工很難判斷在報酬與績效之間是否存在著聯系。人們既看不到別人的報酬，也不了解自己對公司的貢獻價格的傾向，自然會削弱這些制度的激勵和滿足功能。薪酬管理的一個重要原則是“薪酬就是溝通”，管理層只有與員工通過相互交流，開放相關的薪資信息，才能使報酬制度變得更加有效。