在建立了薪酬管理體系之后，必須繼續對其進行管理以確保其有效性。內外環境施加在薪酬管理體系之上的壓力需要進行監督、評價、修正和控制。這一步的結果是確認出薪酬管理體系的病癥，從而使薪酬管理者能夠保證這一系統無障礙地運行。
內部公平性、外部公平性和個體公平性這些概念是理解薪酬管理體系的控制和評價背后的邏輯性的基礎。因為薪酬管理體系的目的是吸引和保留員工，以及激勵員工的組織所期望的行為方式，所以收集表明組織能否達到這些目標的數據是十分有意義的。
因此，很多組織評價員工對于薪酬和其他組織因素的態度，計算流動率和其他離退職的統計數據，獲取離職面談的信息，用多種方法來衡量員工的生產率。所有這些手段都能夠提供信息，來驗證組織的薪酬管理體系是否達到了它的目標。但是，薪酬不是影響組織吸引、保留和激勵員工的能力的唯一因素。
因此，對評價方法必須進行謹慎的考慮，保持適當的角度。造成經理人員、管理者和員工違反已建立的薪酬政策并因此使薪酬管理體系的有效性削弱的原因可能來自于人的本性。
當然，組織政策和其他因素也是重要的影響因素。無論這些原因是什么，薪酬管理人員都必須在薪酬管理體系開始運行以后盡力保持它的完整。
這就意味著必須建立薪酬管理政策，并將其傳達給經理人員、管理者和員工。對違反薪酬政策的行為必須予以確認和糾正。當違反薪酬政策的行為導致了組織所不愿出現的結果時，常常需要采取懲戒措施。
通過監控工資調整和要求重新進行工作評價，薪酬管理者和人力資源經理能使許多危機在到來之前得以減輕。
除了違反薪酬政策的行為以外，其他因素也可能導致薪酬管理出現問題。例如，管理者可能會錯誤地對其下級的工作績效作出評價。如果管理人員將所有員工的工作績效都評價為最低等級，下級們的工資就不能得到適當的績效加薪。
雖然管理人員的行為可能不是故意的，但結果卻仍然可能是員工沒有得到合適的工資，他們將感到個體上的不公平。薪酬管理人員可以使用一些控制指標，來反映出工資是怎樣在同一工資等級中進行分配的，以幫助確定潛在的問題。
薪酬管理體系的其他方面包括為每個具體的員工確定工資水平和加薪決策的政策和程序。典型的加薪程序是建立在資歷、績效(或二者的結合)之上的。如果績效是加薪的最基本的決定因素，那么薪酬政策應該表明由績效評價向加薪決策轉換的程序。許多組織都建立了為這樣的轉換提供指導的績效工資模板。
總之，在薪酬管理體系建立之后，還需要從實踐中不斷找出弊端，跟隨市場變化，對薪酬管理體系不斷修正和完善，以保證薪酬管理體系能合理的促進企業發展。