事業單位績效工資改革將分三步走。第一步，從2009年1月1日起首先在義務教育學校實施；第二步，配合醫藥衛生體制改革，特別是實行基本藥物制度，從2009年10月1日起在疾病預防控制、健康教育、婦幼保健、精神衛生、應急救治、采供血、衛生監督等專業公共衛生機構和鄉鎮衛生院、城市社區衛生服務機構等基層醫療衛生事業單位實施；第三步，從2010年1月1日起，在其他事業單位實施。我國事業單位情況比較復雜，涉及人數眾多，因而，事業單位績效工資分三步走比較合理，分三步實施能夠達到分類推進、平穩實施的目的。此次績效工資改革不是一個單項的工資制度改革，而是2006年事業單位工資制度改革的延續和深化。2006年的事業單位工資改革提出了事業單位實行崗位績效工資制度。崗位績效工資由崗位工資、薪級工資、績效工資和津貼補貼四部分組成，其中崗位工資、薪級工資為基本工資�？冃ЧべY是事業單位工資收入可變工資部分，體現工作業績和實際貢獻。在基本工資外設置績效工資，有利于進一步加大事業單位搞活內部分配的力度，增強工資的激勵功能。國家對績效工資進行總量調控，事業單位在國家核定的績效工資總量自主分配，績效工資與個人表現、業績掛鉤，合理拉開差距，調動大家的積極性。由于事業單位情況比較復雜，涉及人數眾多，因而，2006年工資制度改革后，事業單位崗位薪級工資已經基本入軌，但績效工資并沒有真正推進，因而，今年國務院常務會明確提出要分三步開始推行事業單位績效工資。通過實施績效工資，同時規范事業單位收入，清理整頓事業單位自行發放的津貼補貼， 縮小不合理收入差距。很多專家總結為此實施績效工資是"開前門、關后門"."開前門"指的是實施績效工資，而"關后門"就是要全面清理規范事業單位的津貼補貼發放。因而事業單位實施績效工資并不是漲工資，而是工資制度改革的進一步深化。
當前義務教育教師、基層公共醫療服務人員待遇偏低是明顯事實，首先對他們實施績效工資改革有利于提高他們的收入待遇，也有利于改善基層公共服務水平。
事業單位和企業有很大不同，事業單位是具有公益性質，為社會提供公共服務組織，事業單位績效工資和企業績效工資最主要不同點在于經費來源和保障。企業績效工資完全決定企業盈利情況，根據企業的薪酬戰略及績效考核結果進行發放。而事業單位則不同，事業單位根據單位不同類別，其績效工資的經費來源和保障有所不同，義務教育中小學績效工資經費來源主要由縣級財政保障，省級財政統籌，中央財政對中西部及東部部分財力薄弱地區給予適當補助。其他事業單位實施績效工資所需經費，按單位類型不同，分別由財政和事業單位負擔。但事業單位的創收收入如何規定是今后需要解決的問題。公益型事業單位如果把主要精力用在創收或提供公共服務也高價收費，這就偏離了公益性事業單位的性質，這些需要通過制度進行規范和安排。