一、2006年的文件規定
根據《財政部國家稅務總局關于基本養老保險費 基本醫療保險費 失業保險費 住房公積金有關個人所得稅政策的通知》(財稅[2006]10號)文件的規定：
(一)基本養老保險等費用是免個人所得稅的，超過的部分計征個人所得稅
企事業單位按照國家或省(自治區、直轄市)人民政府規定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，免征個人所得稅;個人按照國家或省(自治區、直轄市)人民政府規定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，允許在個人應納稅所得額中扣除。
企事業單位和個人超過規定的比例和標準繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，應將超過部分并入個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅。
(二)住房公積金規定標準內的可扣除，超過標準計征個人所得稅
根據《住房公積金管理條例》、《建設部財政部 中國人民銀行關于住房公積金管理若干具體問題的指導意見》(建金管[2005]5號)等規定精神，單位和個人分別在不超過職工本人上一年度月平均工資12%的幅度內，其實際繳存的住房公積金，允許在個人應納稅所得額中扣除。單位和職工個人繳存住房公積金的月平均工資不得超過職工工作地所在設區城市上一年度職工月平均工資的3倍，具體標準按照各地有關規定執行。
單位和個人超過上述規定比例和標準繳付的住房公積金，應將超過部分并入個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅。
(三)個人實際領(支)取原提存的基本養老保險金、基本醫療保險金、失業保險金和住房公積金時，免征個人所得稅。
二、財稅〔2013〕103號文件關于企業年金個人所得稅有關問題規定
(一)企業年金和職業年金繳費的個人所得稅處理
企業和事業單位(以下統稱單位)根據國家有關政策規定的辦法和標準，為在本單位任職或者受雇的全體職工繳付的企業年金或職業年金(以下統稱年金)單位繳費部分，在計入個人賬戶時，個人暫不繳納個人所得稅。
個人根據國家有關政策規定繳付的年金個人繳費部分，在不超過本人繳費工資計稅基數的4%標準內的部分，暫從個人當期的應納稅所得額中扣除。
超過上述規定的標準繳付的年金單位繳費和個人繳費部分，應并入個人當期的工資、薪金所得，依法計征個人所得稅。稅款由建立年金的單位代扣代繳，并向主管稅務機關申報解繳。
(二)領取年金的個人所得稅處理
個人達到國家規定的退休年齡，在本通知實施之后按月領取的年金，全額按照"工資、薪金所得"項目適用的稅率，計征個人所得稅;在本通知實施之后按年或按季領取的年金，平均分攤計入各月，每月領取額全額按照"工資、薪金所得"項目適用的稅率，計征個人所得稅。
李志遠點評：企業年金實際上就是補充養老保險。上述“國家有關政策規定的辦法和標準”應該是指企業年金的管理辦法等一類制度，此類制度目前正在制定中。另外，從企業所得稅的角度，按照《財政部、國家稅務總局關于補充養老保險費補充醫療保險費有關企業所得稅政策問題的通知》(財稅〔2009〕27號)規定，自2008年1月1日起，企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受雇的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除;超過的部分，不予扣除。