建立科學的企業薪酬管理體系是一件很難得事情，如果出現一些設計紕漏或管理措施欠妥，就可能會影響到勞資關系的穩定，輕則影響員工的工作積極性，說嚴重點會影響到企業的穩定和可持續發展。其中就有三大阻礙，如果處理不妥很容易引起企業員工的不滿。
一、在同一層次和同一級別的員工中，有些人一天到晚忙得連喘息的機會都沒有，而有些員工卻無事可做。這樣的現象原因在哪里?關鍵就是崗位工作分析出現問題。
企業薪酬管理同級別和層次的員工崗位工作量、工作難易程度、崗位職責不一致，其薪酬的公平、公正和薪資對等性肯定存在問題。長此以往，公司的員工一定會是牢騷滿腹，輕則造成內部不團結，影響士氣，重則造成員工消極、人心不穩，跳槽頻繁。
二、企業薪酬管理的構成一般由基本薪、職位薪、績效薪、年資、加班工資、獎金等組成。尤其是基本薪、職位薪、績效薪的比例要合理，基本工資對企業來說一般是通用型，滿足當地最低工資水準，體現薪水的剛性。
而職位企業薪酬管理則是根據不同職位的工作分析，來分析崗位的價值，做出科學準確的崗位評估，來體現職位薪水的高低，滿足員工內部薪資平衡心理，績效薪是根據績效結果的達成，來確定績效工資多少，企業內不同層次的員工，績效薪占整個薪資總額比例不一樣。
三、企業薪酬管理水平是否影響到企業吸引人才的能力和在行業的競爭力、如果一個企業的薪酬水準低于當地同類型企業和行業市場水準，同時又沒有與之相配合的措施如穩定、較高的福利、便利的工作條件、有吸引力和提升性的培訓機會等，就容易造成員工流失，直接或間接影響企業的利潤率和經營發展目標的實現。
如果一個企業薪酬管理不能做到同工同酬，員工就會認為自己受到不公正待遇。因此，員工在工作中就會產生消極怠工，降低努力程度，在極端情況下將有可能造成辭職。如果這是一名普工的話，或許他的做法給企業造成的損失不會太大，但卻可能使公司名譽受損。如果這是一名優秀員工或者高級主管，他的消極工作態度，甚至是辭職離去，給企業造成的損失將難以估量。
科學的企業薪酬管理體系對于企業來說具有很大的作用。很多在發展中的企業由于沒有一個完善的薪酬管理體系，進而導致其發展的速度非常緩慢。只有認知薪酬管理體系的作用機理、把握薪酬要素在企業營運過程中體現出的管理思想，薪酬管理體系才能在現代企業管理中發揮出最大的作用。