受以前計劃經濟的影響，我國中小企業的薪酬管理中存在許多的問題。
(一)政企不分，政府干預過多
以前的計劃經濟，政府就是企業的主人，企業的大小事務，政府都要予以干預，這就不可避免地產生效率低下，造成許多的浪費，無論是人力還是物力，特別是薪酬水平的制定，一個看上去可以用一個統一的貨幣標準定下來的因素，職工的工資水平以前一直有一個固定的模式，通過這么多年的改革開放，這種現象已有所改善，也直接或間接地推動了我國經濟的發展，但這一計劃經濟的后遺癥還未完全治愈。
(二)官本位，工資與職位高低掛鉤
提起薪酬，人們很自然地聯想起所熟悉的垂直薪酬等級階梯。事實上，無論是在國外還是國內的許多企業中，傳統的薪酬等級設計都是建立在嚴格的官僚等級基礎之上的。如果一個人不幸一直處在一個級別不高的崗位上，那么他一生也不可能得到太高的工資收入，無論他干得多么出色。在我國一些企業中推崇的所謂“一崗一薪”，其實質也是完全根據崗位本身的價值來確定員工的薪酬待遇，而不考慮不同的員工在同樣的崗位上所達到的實際績效差異。
傳統薪酬逼迫員工“向上爬”，在這種薪酬體系下，員工所受到的激勵就是不遺余力地“往上爬”，而無論他最終爬上去的這個崗位是否真的適合他去做。同時，企業也一廂情愿地認為，在低一級職位上干得好的員工在高一級職位上必然也會干得很出色，于是，晉升就成了許多企業優秀員工的一種最主要的激勵方式。
然而可悲的是，雖有許多員工在主觀“努力”和企業客觀“幫助”之下最終晉升，但同時也進入了一個對員工和企業都非常尷尬的“彼得高地”。管理學家勞倫斯?彼得在其1969年出版的《彼得原理》一書中，曾經發出這樣的警告，在企業和各種組織中都普遍存在將員工晉升到一個他所不能勝任的職位的總體傾向。即一旦員工在低一級職位上干得很好，企業就將其提升到較高一級的職位上。結果，本來一個非常優秀的低級別員工，卻不得不在一個自己所不能勝任的，但是級別較高的職位上忍受煎熬，一直耗到退休。
這種狀況導致的結果有兩個：一是員工不能勝任工作，找不到工作的樂趣，無法實現自身的價值，在較低績效壓力的情況下往往會表現失常，或者是心情郁悶，甚至有些人會由于被晉升而離開企業;二是員工被不恰當地晉升到一個他所不能勝任的職位上，對企業來說，一方面多了一個蹩腳的管理者，另一方面又失去了一個能夠勝任較低一級職位的優秀員工。因此，企業和個人均是這種不恰當晉升的受害者。然而，遺憾的是，傳統的薪酬制度和晉升哲學在企業中至今仍屢見不鮮。
(三)水平偏低，缺乏市場競爭力
我國的改革開放，引進了國外的先進技術，國外的資金，為我國的經濟發展發揮了巨大的作用。對我國企業來說，這是個機會，同時也是挑戰，面臨著許多的問題，對人才的爭奪就是一個十分重要的方面。外企從國企高薪挖人已不是新聞，這必然對我國企業的發展造成很大的不利，尤其是中國加入WTO以后。中國本土企業怎樣與外資企業搶奪人才已是一個急待解決的問題。
(四)結構零散，管理混亂
一般來講，只要企業支付給員工的總體工資水平不低于最低工資水平就可以了，完全沒有必要單獨設立一個最低工資。在很多企業，薪酬水平本來就不高，由于拉出這樣一個平均主義色彩很濃的板塊，員工在其他方面(比如崗位或技能)的差異，在薪酬水平中的體現就變得微乎其微。
事實上，當企業的薪酬構成被劃分得越是支離破碎，員工的薪酬水平差異就越是不容易得到合理的體現，因為既然單獨設立一個薪酬項目，那么大家必然要多多少少都拿一點。不僅如此，薪酬構成板塊過多還會造成另外一個不利的后果，這就是，員工的薪酬水平高低到底取決于什么變得模糊了。員工既不清楚造成自己的工資與他人差異的主要是原因是什么，也不清楚自己怎樣才能通過個人的努力來增加薪酬收入，更看不到企業的薪酬系統鼓勵什么，與企業的戰略之間是一個什么樣的關系。
(五)考核不科學，激勵作用發揮不大
所謂激勵，就是組織通過設計適當的外部獎懲形式和工作環境，以一定的行為規范和懲罰性措施，借助溝通，來激發、引導、保持和規范組織成員的行為，以有效地實現組織及其成員個人目標的系統活動。通過不斷調整，使其心態和行為向有利于公司的積極方向變化，根據年度績效考核結果，決定是否通過晉級滿足員工滿足組織發展的需要。
在我國企業中，存在一些問題，使薪酬的激勵作用發揮不大。
(1)主管方面的主觀意見。
績效的考核不可避免地會有一些主管的主觀意見在里面，這就對員工績效考核的科學性大打折扣。心胸狹小的主管會因一己之意見偏離客觀的標準，造成績效考核的不公;公私分明的主管也會因為其他的原因或多或少地影響績效考核。
(2)員工方面的原因。