績效考核之所以能成為有效的行政管理手段，根源不在于“考核”而在于制度化的“問責”。因此為影響被評單位行為向評估主體期望的方向修正，必須充分發揮績效考核“問責”的威力，靠“問責”的制度化來實現體系持續發展的長效機制。制度化的問責機制主要包括四個方面特點：
1、是協同聯動的問責機制。問責制應該建立起以參與績效評估各方為核心的協同聯動工作機制，通過例會制度確保各方之間的信息溝通和工作聯動。
2、監督檢查的問責機制。問責制應該建立起以參與績效評估各方聯席監督檢查工作機制。各方在各個過程中加強監督檢查并在檢查的工作內容、周期、范圍、內容上作出明確規定。
3、獎懲并用的問責機制。問責制應該建立起完善獨特的問責獎懲機制。通過參考業務的重要程度、業務影響性、緊急程度上區分獎懲措施。
4、全面績效的問責機制。問責制應該建立在全面的績效考核體系基礎之上。根據考核結果及時執行問責。