盡管眾多的管理者都已經認識到了績效管理的重要性和它的作用.但是在實際運行過程中，受到管理體系不完善、管理水平落后、員工整體素質偏低等現狀的制約，使得績效管理的效果并不盡人意，員工績效管理也無法實現企業戰略目標的價值。具體來說，企業員工績效管理存在的問題如下：
1、將績效考核視為績效管理
許多人一提績效管理就必定稱績效考核，必定將其量化，似乎做了量化就是做了績效考核，做了績效考核就是做了績效管理。實際上，兩者既不能混淆，也不能等同。績效管理是一個完整的系統，是一個持續不斷的交流過程.而動態、持續的績效溝通是績效管理體系的靈魂與核心.它包括四個階段：績效計劃制定、績效實施與管理、績效考核與分析、績效反饋與回報。 績效考核是績效管理工作中的一個重要環節，主要是根據績效考核標準對上一階段收集到的數據進行考核分析.目的是通過考核促進績效的提高。而績效管理涉及的不只是員工個人績效問題，還包括對組織績效的計劃、考核、分析與改進。另外，績效管理側重于信息溝通和績效的提高，而績效考核則側重于判斷和評估。
2、績效考核體系不科學
績效考核體系設計的不科學性主要體現在考核目的不明確，考核方和被考核方都沒有充分清楚的了解績效考核只是一種管理手段，其本身并不是管理的目的，而實際中只是為了考核而考核，忽略了原本達成企業戰略目標的目的。另外一個方面，考核內容、項目設定等方面表現出無相關性，隨意性突出，一般是以考核官的主觀個人的意志和好惡來作為考核的內容，缺乏科學性，同時也缺乏嚴肅性，隨意改動，難以保證政策上的連續一致性;考核的標準也不清晰，缺乏基準等，就導致了考核的不全面、不客觀公正，很難使得被考核者信服。
3、輕視和忽略績效輔導溝通的作用
績效管理強調管理者和員工的互動，強調管理者和員工形成利益共同體，因此管理者和員工會為績效計劃的實現而共同努力�？冃лo導是指績效計劃執行者的直接上級及其他相關人員為幫助執行者完成績效計劃，通過溝通、交流或提供機會，給執行者以指示、指導、培訓、支持、監督、糾偏、鼓勵等幫助的行為�？冃лo導溝通的必要性在于：第一、管理者需要掌握員工工作進展狀況，提高員工的工作績效;第二、員工需要管理者對工作進行評價和輔導支持;第三、必要時對績效計劃進行調整。
4、缺乏監督機制
在績效管理過程中.基本上是管理者從上而下的對員工進行考核評估，這樣就導致了一個問題的產生，那就是沒有人去考核管理者，而且員工只有處于被評估的地位上。再加之企業領導層對具體的評估過程過問很少，這樣就使得績效考核的管理者的權力得不到監督和約束，使得在考核的過程中受到自己的個人喜好和主觀的因素對員工進行評估.最終造成了績效考核沒有一個統一的考核的基準，同時也喪失了公平性。