學院具有光輝的歷史，最早可追溯到1946年山東大學農學院園藝系(青島)和1947年山東農學院園藝系(濟南)，1952年經全國院系調整，調入金陵大學園藝系和南京大學園藝系果樹組成立了山東農學院園藝系，2000年12月更名為園藝學院，2004年3月更名為園藝科學與工程學院。
經過近60年的建設與發展，學院已發展成具有以本科教育為基礎、逐步擴大碩士、博士研究生教育和博士后人員培養的多層次辦學能力的優勢學院。學院設置5個系、1個研究所和蘋果工程中心，現有教職員工53人(不含國外學習工作11人)，其中博士導師12人，碩士生導師22人，教授15人，副教授14人，教學科研人員中具有博士學位的23人，博士后研究人員7人。目前本科專業有園藝專業和設施農業科學與工程專業。園藝學為國家一級學科博士點，博士后流動站，下設果樹學、蔬菜學、觀賞園藝、茶學、園藝環境工程學、設施農業科學與工程學和葡萄與葡萄酒學 7個二級學科博士點。果樹學為國家級重點學科，蔬菜學為山東省重點學科，園藝專業為十五省重中之重建設專業。