農學專業
本專業是山東農業大學設置最早的傳統優勢骨干專業之一，是山東省重點專業，以國家重點學科、省部級重點開放實驗室和作物學一級學科博士點、博士后科研工作流動站為依托，將農學與現代生物技術和信息技術緊密結合，培養具有堅實的現代生物科學基礎，掌握作物生長發育與遺傳規律、現代生物技術、作物生產技術、信息與管理、作物育種和良種繁育、農產品質量監控與標準化生產技術、農業資源開發利用的基礎理論、基本知識、基本技能，能夠適應作物生產產業化開發、農業經營與管理、教學與科研等工作的應用型、復合型高級專門人才。
植物科學與技術專業
本專業以農學、園藝兩個國家重點學科、多個省部級重點開放實驗室和作物學、園藝學等一級學科博士點、博士后流動站為依托，把植物科學與現代生物技術和信息技術緊密結合，培養具有堅實的生物科學及相關學科基礎理論知識，掌握植物生長發育規律、現代生物技術及植物遺傳改良、植物資源利用、植物生產及其調控、植物產品加工、生態環境、植物保護等基本理論、基本知識和基本技能，能夠從事植物科學及與植物生產有關的技術與設計、生產與開發、經營與管理、教學與科研等工作的應用型、復合型高級科學技術人才。
種子科學與工程專業
本專業是面向種子產業化的一個廣口徑專業，它涉及農作物種子、蔬菜種子、林果種子及種苗，在種子基礎理論方面涵蓋了所有植物種子。培養具備種子科學與工程技術等方面的基本理論、基本知識和基本技能，適應市場經濟要求，能在種子科學與工程技術的相關部門或單位從事教學與科研、技術與設計、推廣與開發、經營與管理等工作的應用型、復合型高級專門人才。
中藥資源與開發專業
本專業培養具有中藥學、農學、生物學和化學等基礎理論、基本知識和基本技能，掌握中藥資源調查、中藥材生產與加工、中藥材鑒定、中藥化學、藥物研發、中藥經營與管理等知識和技能，能夠在中藥和農業管理部門、中藥生產和經營企業、教育和科研機構、衛生與醫療單位等從事管理、技術推廣、研究開發、生產經營和教學科研等方面工作的應用型、復合型高級專門人才。
植物保護專業
本專業依托植物保護一級學科博士點、博士后科研流動工作站和植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治、農藥學、森林保護四個碩士點，培養具有堅實的生物學、生態學基礎知識，掌握植物保護、植物檢疫和農藥學理論知識與技能，能從事有關植物保護、環境生物、生物資源保護與利用等方面的教學、科研、技術創新與推廣應用、科技成果轉化等工作，以及煙草生產、森林保護、出入境檢驗檢疫、農產品安全生產與檢測等工作的復合型人才。
制藥工程專業(農藥方向)
本專業依托植物保護一級學科博士點、博士后科研流動工作站和植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治、農藥學、森林保護四個碩士點，培養具有堅實的化學和生物科學基礎知識與基本技能，掌握農藥學和植物保護學的理論知識與技能，能夠從事與制藥工程有關的農藥合成、農藥制劑加工、制劑分析、農藥制劑管理、農藥制劑研發、藥物殘留分析、經營管理及推廣應用等領域工作的寬口徑、復合型高級工程技術人才。
動植物檢疫專業(植檢方向)
本專業依托植物保護一級學科博士點、博士后科研流動工作站和植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治、農藥學、森林保護學四個碩士點，培養從事出入境植物檢疫和國內植物檢疫、生物入侵預警與控制、有害生物綜合治理、生物資源保護和可持續利用等方面的高級復合型人才。
煙草專業
本專業培養具有堅實的生物學和經濟學基礎，掌握現代煙草生產科學、煙草市場經濟學和企業管理學等方面的基本理論、基本知識和基本技能;熟悉國際、國內煙草有關政策和法規。畢業后能在煙草及相關部門或單位從事煙草生產技術指導、教學科研、技術開發、煙草企業經營管理、煙草商品貿易等工作的應用型、復合型高級專門人才。
園藝專業
本專業培養具備生物學和園藝學的基本理論、基本知識和基本技能，能在農業院校、科研院所、農業、商貿、管理等領域和部門從事與園藝有關的技術推廣與開發、經營與管理、教學與科研等工作的應用型復合型高級專門人才。本專業學生主要學習生物學和園藝學的基本理論、基本知識，接受園藝植物生產全過程、管理和科研方面的基本訓練，具有園藝植物生產、技術開發和推廣、園藝企業經營管理方面的基本技能和從事相關專業領域工作的適應能力。
設施農業科學與工程專業
本專業培養具有堅實的設施農業科學與工程學基本理論、基本知識和基本技能，掌握學科發展動向和新成就，能從事與設施農業有關的技術推廣與開發、工程設計與建造、經營與管理、教學與科研等工作的應用型復合型高級專門人才。
食品科學與工程專業
本專業培養德、智、體全面發展，適應我國工業化、城鎮化和國民經濟建設需要，具備食品科學、食品加工與貯運保鮮基本原理和技能;掌握食品工程、食品包裝、食品分析和衛生檢驗以及食品企業經營管理理論與技術;從事園產品加工、糧油加工、畜產品加工、果品蔬菜冷凍冷藏、食品分析與檢測、食品企業管理的高級復合型人才。
食品質量與安全專業
本專業培養德、智、體全面發展，適應國民經濟建設和人民群眾健康需要，具備食品科學、食品檢測和分析、食品安全與評價、環境科學、動植物生產基本理論和技能;熟知國際食品質量安全標準體系，具有在企業、教學、科研和公共管理等部門從事食品分析檢測、安全評價、質量管理和科學研究等方面專業工作能力和素質;從事食品質量與安全的檢測、評價、控制、監督、執法、管理的高級復合型技術人才。
葡萄與葡萄酒工程專業
本專業培養德、智、體全面發展，適應我國工業化、城鎮化和國民經濟建設需要，具備葡萄栽培管理、葡萄酒及各類酒釀造、葡萄酒及各類酒廠工藝設計管理理論與技術，從事葡萄酒生產、營銷貿易、文化推廣、新產品開發、機械工程設計和酒類企業管理等工作的高級復合型人才。
農業資源與環境專業
本專業培養具有堅實的化學、生物科學、環境科學基礎，能掌握農業資源調查與規劃、農業環境監測及管理、農產品質量監測、土壤、水資源分析技能，畢業后能從事農業環境監測與環境管理、農產品安全管理、配方施肥、農業資源與環境、新型肥料研發與農化服務方面的應用型、復合型高級專業技術人才。
土地資源管理專業
本專業培養具有堅實的土地資源管理的基礎理論和技能，具備土地資源調查、評價、規劃、開發、利用與管理以及土地經濟、政策法規等知識，掌握土地資源管理的現代化技術手段和方法，畢業后能在各級土地管理部門、學校、科研機構以及土地評估所、房地產公司等企事業單位開展工作的應用型、復合型高級專業技術人才。
地理信息系統專業
本專業培養德、智、體全面發展的、具有寬厚基礎知識、較高綜合素質、具有創新精神和實踐能力，具備系統、扎實的計算機科學、地理信息系統技術、地理與地圖學、遙感技術、測繪科學技術等方面的基本理論、基本知識、基本技能，能在科研機構或高等學校從事與地理信息有關科學研究或教學工作，能在城市規劃管理、國土資源管理、環境、交通、住房、基礎設施、測繪、農業信息等領域從事與地理信息系統有關的應用研究、技術開發、生產管理和行政管理等工作的應用型、復合型高級專門人才。