吉首大學醫學院于2000年9月8日組建。1978年原湖南醫學院湘西分院并入吉首大學組建醫療系，1958年創辦的吉首衛生學校于2000年9月并入吉首大學，與醫療系合并組建吉首大學醫學院。醫學院組建以后，在學校黨委行政的正確領導下，學院堅持以教育教學為中心，本著“以學科建設為龍頭，以專業建設為基礎，以課程建設為核心，以隊伍建設為重點，以條件建設為保障”的工作思路，堅持以質量求生存，以改革為動力，以特色樹形象，以上層次、上水平為目標。強化師資隊伍建設，組建學科隊伍，提升教師教學與科研水平，加快辦學條件的改善，提高辦學層次，辦學實力不斷增強，教學科研水平不斷提升。
學院已建成一支結構合理、素質較高、敬業精神強的教師隊伍。在專任教師隊伍中，其中教授12人(含4名特聘教授)，副教授37人，博士與碩士38人，同時還聘請了中科院院士陸士新等8名知名醫學專家為學院兼職教授和客座教授。學院目前擁有生物化學與分子生物學(醫學方向)、運動人體科學(醫學方向)2個二級學科碩士點，開設有臨床醫學、護理學、針灸推拿學、醫學影像學4個全日制本科專業，護理學和針灸推拿學2個全日制�？茖I，其中針灸推拿學專業具有留學生招生權。學生面向全國15個省(市)招生，在校學生數2700余人。
學院建有基礎醫學實驗室和臨床醫學、護理學、針灸推拿學專業實驗室，其中基礎醫學實驗室和臨床醫學實驗室為中央與地方共建，基礎醫學實驗室于2007年順利通過了省教育廳的合格評估，臨床醫學實驗室2009年被評為省級實踐教學示范中心。實驗室總面積近8000平方米，教學儀器設備1004萬元，其中人體標本陳列室已達到國內一流。醫學研究所承擔著全校的醫學科研工作，并為湘、鄂、渝、黔四省市邊區提供醫藥科研的服務平臺。學院還建有劉氏小兒推拿生物信息實驗室—國家二級實驗室建設單位和劉氏學術體系研究室—湖南省中醫藥管理局重點研究室建設單位。學校現有附屬醫院2所，教學醫院2所，實習醫院16所，為醫學生理論教學和實踐教學提供了有力保障。
學院教師積極投入教學改革和科學研究，近年來共承擔包括國家自然科學基金、國家社科基金在內的各級科研課題140余項，擁有在研科研經費200多萬元，發表學術論文800余篇，出版專著及編寫教材50余部，獲得各類省、州、和校級成果獎30余項。一批教師擔任著全國及全省各類學術要職。學院注重學生專業知識的學習和綜合素質的培養，尤其注重基本操作技能的實訓和專業實踐能力的培養，畢業生以其專業知識扎實、工作能力強、作風樸實而深受用人單位的歡迎。
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