吉首大學體育科學學院創建于1978年，現有2個本科專業(體育教育和民族傳統體育)，3個碩士學位授予點(民族傳統體育學、體育人文社會學、體育專業碩士)，均面向全國招生，3個基地(國家民族體育重點研究基地、湖南省少數民族傳統體育訓練基地、湘西跆拳道柔道訓練基地)。
學院各類在籍學生數1000余人;教職工72人，其中正教授9人，副教授29人，博士5人，碩士研究生40人。近年來，學院在教學、科研和管理工作等方面取得了顯著成效：體育教育專業定為“省級重點專業”和特色專業; 曾獲國家教學成果二等獎2項;湖南省教學成果一等獎2項、二等獎2項;民族傳統體育課程、籃球被評為湖南省“省級精品課程”;先后獲得 “全國教育系統先進集體”、“湖南省民族體育先進集體”、“湖南省先進基層黨組織”、“湖南省芙蓉標兵崗”、“湖南省優秀教學團隊”等榮譽。學院有享受國務院特殊津貼的體育學專家、教育部新世紀優秀人才支持計劃人選、人事部“新世紀百千萬人才工程”國家級人選、國家社科基金項目評審專家、“全國先進工作者”“全國教育系統勞動模范”、“全國師德先進個人”湖南121人才工程第一層次人選、湖南省首屆青年社科專家、湖南省教學名師2人、湖南省“徐特立教育獎”、湖南省“教學能手”2人等榮譽;目前，學院抓住高校體育教育改革契機，銳意進取，形成了以民族傳統體育為優勢學科，其他學科協調發展的新局面。
學院擁有可容納3000個座位的體育館一座、綜合訓練館一座、400米標準田徑場2個，體育場館區占地約50000平方米;體育教學器材、儀器設備資產總值約10000萬元;有現代化的實驗室5個，專業圖書資料室藏書30000余冊。
學院圍繞學科和專業建設開拓進取，與時俱進，頑強拼搏，取得優異成績，先后獲國家社科基金體育學課題11項，省部級立項課題30余項;在省級以上刊物發表論文500余篇，其中核心刊物148篇，13篇論文被《人大復印資料》全文復印，6篇被《新華文摘》全文轉載和摘登;出版專著、教材25部;獲省級優秀社科成果獎1項;國家體育總局體育社科優秀成果獎3項。由體育科學學院挖掘整理的民族傳統項目“高腳競速”被列為全國民運會競賽項目。2001年學院被湖南省民族委員會確定為湖南省少數民族傳統體育訓練基地;2003年被國家體育總局確定為民族體育重點研究基地，同年，經國務院學位辦批準民族傳統體育學科獲碩士學位授予權。體育科學學院根據地方經濟和社會發展需要搞好學科專業建設，專業建設立足湘西、面向湖南、輻射周邊省市，主要培養為民族地區的經濟建設和社會發展服務的本科生。
體育科學學院在“體育文化人”辦學理念的指導下，在民族傳統體育學科研究的帶動下，以其活躍的文化因子和獨具魅力的民族傳統體育而走出湖南，走向全國，力爭辦學達到全國先進水平。
體育教育專業(040201·師范)
培養目標：本專業主要培養德、智、體全面發展，專業基礎寬厚，具有現代教育觀念，良好的科學素養和職業道德，能勝任學校體育教育、教學、訓練和競賽工作，并能從事體育科學研究、體育管理及社會體育指導等工作的應用型高級專門人才。
主要課程：體育學概論、學校體育學、體育心理學、體育社會學、運動解剖學、運動生理學、體育保健學、運動生物化學、運動訓練學、田徑、籃球、足球、排球、體操、健美操、武術等。
學制四年，授予教育學學士學位。
民族傳統體育專業(040205)
培養目標：本專業培養德、智、體、美全面發展，較系統掌握民族傳統體育基本知識、技術與技能，并有較高民族傳統體育文化素養，較強實踐能力與創新精神，能從事民族傳統體育教學、訓練、科研以及文化傳承等工作的應用型高級專門人才。
主要課程：民族傳統體育學概論、武術概論、傳統養生與健身氣功、民族民間體育、學校體育學、運動心理學、運動解剖學、運動生理學、體育保健學、武術套路、技擊格斗、田徑、籃球、足球、體操、健美操等。
學制四年，授予教育學學士學位。