吉首大學研究生教育始于2003年。2003年，學校獲得6個二級學科碩士學位授予權，2004年，開始招收首批碩士研究生;2005年獲13個二級學科碩士學位授予權，2007年招收;2010年突破性榮獲14個一級學科碩士學位授予權，2012年招收。經過多年建設和發展，形成了以振興區域經濟和社會發展研究為特色，哲學、文學、史學、法學、經濟學、管理學、理學、工學、教育學多學科協調發展的研究生學位授權格局。
學校碩士學位授權門類基本齊全，現有一級學科碩士學位授權點14個(哲學、應用經濟學、民族學、馬克思主義理論、體育學、中國語言文學、中國史、數學、物理學、生物學、生態學、統計學、林業工程學、工商管理學)，二級學科碩士學位授權點77個，已招生二級學科碩士學位授權點57個，專業學位授權點1個(體育碩士)，具有高校教師在職攻讀碩士學位授予權�，F有湖南省優勢特色重點學科1個，省級重點學科2個，省級重點建設學科1個，省部級重點研究基地9個，省重點實驗室3個，省級實踐教學示范中心5個，省級產學研合作示范基地3個 ，湖南省研究生培養創新基地1個。
學校現有碩士生導師182人，在編165人，兼職17人。在編導師中具有博士學位的 59人，碩士學位的 65人，正高職稱98人，副高職稱63人。導師中有享受國務院特殊津貼6人，全國優秀教師1人，全國模范教師1人，全國勞模1人，百千萬人才工程國家級人選1人，教育部“新世紀優秀人才支持計劃”人選3人，湖南省教學名師3人，湖南省優秀教師4人，湖南省跨世紀學術帶頭人1人，湖南省“百人計劃”人選1人，新世紀121人才工程人選8人，省學科帶頭人9人。有省級科技創新團隊2個。
近三年來，學校獲國家級教學成果二等獎1項，獲湖南省教學成果一等獎1項、二等獎2項、三等獎2項。獲湖南省首屆民族教育發展成果獎一等獎2項。省研究生教育教改項目10項，《訓詁學》為湖南省研究生精品課程。我校導師主持承擔的各級科研項目達到414項，其中國家自科基金課題12項，國家社科基金課題37項，省部級課題129項，科研經費達到3340萬元。獲省級以上科研獎勵20 項，發表學術論文1038篇，發表論文被SCI、EI、ISTP 、CSSCI四大索引收錄的達到291篇，出版學術專著53部。
經過近十年的努力，吉首大學學位與研究生教育各方面都取得明顯進步和發展。碩士點從無到有，辦學規模不斷擴大，目前在校碩士研究生近800人，累計授予碩士學位500余人。
吉首大學研究生教育堅持把德育放在首位，堅持德、智、體全面發展，不斷提高研究生的全面素質。在研究生的培養管理中，圍繞經濟建設、科學研究和民族區域發展的重點，把好招生、培養、學位質量關，為研究生教育創造良好的環境，充分發揮和調動研究生學習的積極性。同時，學校研究生教育打造自己的特色和優勢，實現高質量研究生的培養目標，為把我校建成具有鮮明特色的“教學研究性”大學貢獻力量。