2000年起我校開始培養與生態地質相關的碩士研究生。指導老師和研究生主要分散在地球科學學院、資源學院、工程學院等院系中。為適應我國生態保護與建設和社會、經濟協調發展的形勢，深入研究與生態地質環境相關的科學問題，推動地球系統科學學科群的建設和高層次人才的培養工作，我校于2004年起設置生態地質學專業碩士學位授予點，2005年將正式招收碩士研究生，從而成為國內首家，也是世界上極少數設置該學科專業的組織之一。
經過幾年的探, 索，我校在農業生態地球化學、水資源開發與生態環境保護、植被地下生存環境結構分析等方面已取得了顯著進展，培養了一批基礎扎實，掌握先進技術且具有創新精神的碩士學位獲得者，在生態地質學專業人才培養上取得了寶貴的經驗，基礎設施建設也取得了長足發展。
本學科匯集了我校地球科學學院、環境學院等院系的一批經驗豐富的教員，形成了一支教學與科研能力扎實的師資隊伍，其中有中國科學院院士三人、教授、副教授各十多人�，F承擔國家自然基金、省部級科研項目等二十多項，已公開發表相關學術論文百余篇。
本學科專業以地球系統科學為指導，以巖石圈、水圈、大氣圈、智能圈和生物圈的相互作用為研究對象，研究領域涉及生態地質學基礎理論、生態地質學的應用(包括生態地質環境的評價、規劃、保護等)、特殊景觀的生態地質學研究和生態地質學新技術方法研究等四大方面。
主要實驗室：表生帶地質過程與環境修復實驗室;水、土、生實驗室(含土壤化學實驗室);環境工程微生物實驗室;數值模擬與GIS應用實驗室;非飽和水流與溶質運移實驗室;水化學與水環境化學實驗室。
畢業生就業方向：大專院校、科研院所、各系統(部門)的勘察設計院。