水資源與水文地質系1952年創立于原北京地質學院，下設水文地質及工程地質教研室，1960 年一分為二，分別成立水文地質教研室和工程地質教研室，70年隨北京地院遷至武漢成立武漢地質學院水文地質與工程地質系(后更名為環境科學與工程學院)，下設水文地質和工程地質兩個教研室，1999年環境科學與工程學院和探礦工程學院兩院合并成立工程學院，水文地質教研室更名為環境工程與水文地質系;2003年以環境工程與水文地質系為主體成立環境學院，原環境工程與水文地質系一分為三，成立水資源與水文地質系、環境科學與工程系、實驗中心。水文系負責水文學及水資源和地下水科學與工程兩個二級學科博士點的建設。
經過50幾年年的教學、科研和生產實踐，形成了一支年富力強的教學與科研隊伍，目前在編人員 21人，教授5人，其中博導3人，副教授6人，講師10人，外聘院士2名。本系培養的畢業生已遍及祖國各地，成為我國水文地質工作的中堅力量，有3人已成為中國科學院或工程院院士，還有一些中青年學者已在國際水文地質界嶄露頭角。
近年來，本系主持完成了國家自然科學基金重大項目和西部研究重點項目、國家攀登計劃項目各1 項、并每年獲1-2項面上或青年基金資助，此外還參加了多項863、973計劃項目，主持省部級科研項目每年2-4項。獲得國家科技進步三等獎、省部級一等獎各1項、省部級二、三等獎二十多項。出版專著三十余部，公開發表論文數百篇，并有四十余篇論文進入三大檢索。
目前，本學科在地下水資源與環境保護、地下水-地質災害過程模擬、裂隙水偏流理論、巖溶管道- 裂隙-孔隙三重介質線性-非線性水流耦合模擬、濱海承壓含水層海底邊界的確定、地下水混合井抽水試驗確定分層水文地質參數、抽水引起的地面沉降機理及土層固結與地下水流的耦合、深層地下熱水壓力場和溫度場模擬、地下水系統理論及地下水資源管理輔助決策支持系統、包氣帶土壤水分和鹽分遷移機制、土壤水的有效利用、土地修復和土壤改造、水-巖作用機理、礦床成礦的古水文地質、沉積盆地水文地質、地下水污染敏感性分析、地下水污染控制及劣質高氟水改造、同位素測試技術等領域的研究上，處于國內領先或國際先進水平。
面向21世紀，本系將立足于已有的地下水文學特色和優勢基礎上，通過師資隊伍和高水平實驗室的建設，在地下水文學方向上保持國內領先地位，部分領域達到國際先進水平。擬在線性-非線性地下水動力學耦合模型及其模擬方法、低滲透性巖層的采(排)水理論和技術、地下水滲流場與巖土體應力場的耦合數值模擬、濱海地區地下水開采-海水入侵-地面沉降的數值模擬和防治技術、土壤水資源利用技術、西部地下水合理開發與生態重建、西南巖溶石山區以水為紐帶的巖-土-植被-大氣界面物質能量交換過程、高分辨率同位素測試技術等學科前沿的重大科學問題展開研究。
水資源與水文地質系主任：萬軍偉(教授)，副主任：郭會榮(副教授)、馬傳明(副教授)，系辦電話：027-67883159