企業績效管理通常存在一些問題，這些問題主要包括：
(1)對績效管理的認識存在誤區
簡單的把績效考核認為就是績效管理。事實上績效管理是由績效計劃制定、績效輔導實施、績效考核評價、績效結果反饋組成的一個循環，而績效考核只是績效管理的一個環節。
(2)績效管理與企業戰略脫節
企業戰略本身缺乏可執行性和可持續性，缺乏由戰略到執行的閉環式戰略管理流程。企業的經營目標、日常活動未與戰略目標緊密銜接。績效目標的來源往往不是企業戰略。其實，無論是業務部門，還是支持部門，隨著企業戰略的不斷調整，其績效目標也是不斷變化的。
(3)企業文化方面的缺陷
很少一些企業文化建設比較成功的以外，大多數企業文化準備不充分，這導致了與績效管理要求的企業文化準備之間差距非常大在企業的愿景，使命，核心價值及戰略定義等，還沒有完全清晰解決之前，建立績效管理系統是無效的。
(4)傳統績效管理流程的弊端
在目標與計劃制定階段，一方面缺乏對關鍵績效指標(kpi)的整體優化設計;另一方面缺乏對單個指標的有效性驗證。
(5)績效計劃制定缺乏依據，績效目標制定隨意性較大。
績效考核主管沒有及時對下屬進行輔導;績效考核做不到公平公正;績效考核不能很好的應用績效考核系統;上下級缺乏互動;績效考核指標選擇不當;績效考核信息不準確造成考核救過缺乏可信度。
績效考核應為企業帶來帶來業績的提升，創造利潤，而不應該成為企業的負擔。