組織的發展過程通常要歷經創業期、發展期、成熟期、穩定期乃至衰退期，若經過及時的戰略調整和浴火重生的洗禮，則能夠進入螺旋式上升發展的新的循環軌跡。所以，在組織變革時期，績效考核工作常常面臨如下問題：
第一，有些組織的績效考核體系本身不夠完善，部門考核結果、員工考核結果往往需要較為深入地溝通才能被當事人所接受。在變革時期，公司人員變動比較大，容易人心惶惶。
再加上因考核的主體缺失、變化或者業務技能不夠專業，其準確性、有效性、權威性都面臨著較大的挑戰，更會受到被考核對象的質疑，考核結果的激勵效果也就可想而知。
第二，由于變革時期面臨的復雜形勢，有些組織雖然已經有完善的考核辦法，但在執行過程中刪繁就簡、變形走樣，主要是迫于上級或其他方面的要求和壓力不得已而為之，績效考核難免出現得過且過，以形式主義應付了事的局面。
第三，考核工作一般由人力資源部進行組織，各部門共同協助參與。組織機構變化后，有些部門的職能，參與指標監控、提供數據的人員都會發生變化，甚至考核工作的流程也會與之前有所不同。如不及時加以明確規范，當考核工作真正開始的時候，有可能出現處處碰壁，推進不下去的情況。
變革需要勇氣，同時伴隨著陣痛，人力資源部面對組織出現的變化，要及時調整考核工作策略，以免手忙腳亂。在組織對下設部門進行考核時，可把握如下要點推進：
首先，對于考核工作已經開始，組織尚未完成機構調整的，可按照原有的績效考核辦法與方案施行。對于在考核期內經過合并、分拆、新設立的部門，人力資源部要及時編制部門職責，并以文件形式下發。
其次，新的組織機構設立完成后，要及時設定考核指標，制訂考核辦法，以使考核工作與部門調整相匹配。在考核期內完成組織機構設置，但還沒有完成考核辦法修訂的，或者已經編制，但是距離考核期太近，不超過30天的，考核可按照原辦法進行。
第三，在考核期內完成組織機構設置，已經完成考核指標的提取設定、考核辦法編制，并且已經運行超過30天的，可按照新考核辦法推進。組織機構確定，或相對穩定后，公司要及時調整與明確各部門職能，定崗定編，制定崗位說明書。要對員工的考核辦法進行相應修訂，據此對考核表、考核指標進行調整。以工作業績、工作行為指標為重點進行考核的公司，員工考核指標的變化會比較大，人力資源部要組織各用人部門，統籌兼顧、合理編制考核指標，并在實際操作中不斷完善。
第四，方面在考核工作實施前，人力資源部可以對參與考核工作的單位負責人、考核工作執行人進行統一的培訓，避免考核中因對評價標準的理解不同而出現偏差。尤其是對變動后的人員，要讓各級考核人員樹立起認真負責的態度，不能對調離本部門或新調入本部門的員工有偏見。
另一方面考核前要將各組織、單位需要考核的人員名單進行核對，以避免漏考現象的出現。由于頻繁的人員變動，人力資源部一定要將各部門對需要考核的人員名單確認后，再進行核對。
績效考核工作是一個成熟公司常態化、例行化的一項重要管理工作。而組織機構的調整則是順應公司發展而進行的一項專項工作，考核工作要堅持原則性與靈活性的統一，確保信息的溝通交流順暢�？冃Э己斯ぷ髂軌蜃龊茫w員工的參與和支持是基礎，而一支確保原則性、執行力強、效率高的考核執行團隊則是關鍵。