合肥工業大學計算機應用專業創辦于1976年，1977年首次招收計算機應用本科生，1978年開始招收和培養研究生，1981 年獲計算機應用技術碩士學位授予權，1986年獲計算機應用技術博士學位授予權，1996年獲計算機軟件與理論學科碩士授予權。1987年計算機應用專業獲機械部部級重點學科，2001年計算應用技術學科獲安徽省級重點學科。2001年和2002年分獲計算機技術和軟件工程的工程碩士授予權。計算機應用技術是國務院學位辦批準的招收在職人員攻讀碩士學位的招生學科。
2000年在學校院系調整和人事制度改革中，在計算機與信息學院下成立了計算機科學與技術系。全系共有4個教研室，其中，計算機基礎教研室負責全校本學院以外其它院系計算機基礎教學，其它三個教研室負責計算機科學與技術專業教學。全系還設有人工智能、軟件工程、計算機輔助工程與圖形學等研究室。
在20多年的辦學過程中，計算機科學與技術系逐步形成了重視理論基礎學習，加強應用技術研究的辦學特色。在人工智能應用，高可靠性系統結構與計算機控制，計算機輔助工程，圖形學與計算可視化，信息系統開發理論、方法和環境等方面具有較強的實力，具有一定的影響。
近年來，計算機科學與技術系累計完成省部級以上課題32項，各類橫向項目70余項，獲國家科技進步三等獎1項，省部級科技成果獎20余項，省級優秀教學成果獎4項。在學術刊物和學術會議上發表學術論文380余篇，出版專著6部，全國性統編教材9部，其它各類教材45部。目前，承擔國家自然科學基金項目3 項，教育部及安徽省級科研項目多項。
全系現有教師74人，其中從事計算機專業教學的教師58人。教師中博士生導師2名，教授8名，副教授19名，具有博士學位7人，博士后1人，具有碩士以上學位的教師占60%以上。
目前，計算機科學與技術系擁有計算機科學與技術與信息安全兩個本科招生專業。
計算機科學與技術專業，即原計算機應用專業，1998年按照教育部頒布的《普通高等學校本科專業目錄和專業介紹》要求改為計算機科學與技術專業。本專業培養具有良好的科學素養，系統地、較好地掌握計算機科學與技術包括的計算機硬件、軟件與應用的基本理論、基本知識和基本技能與方法，能在科研部門、教育單位、企業、事業、技術和行政管理部門等單位從事計算機教學、科學研究和應用的計算機科學與技術學科的高級專門人才。
信息安全專業，是獲教育部批準的新專業，2002年開始招生。本專業培養具有良好的科學素養，系統地、較好地掌握計算機科學網絡與信息安全的基本理論、基本知識和基本技能與方法，能在科研部門、教育單位、企業、事業、技術和行政管理部門等單位從事計算機網絡、通信、電子政務、電子商務等領域的信息安全高級專門人才。