合肥工業大學制藥工程專業創辦于1997年，為國內最早一批招收本科制藥工程專業的高校。現為國家級特色專業，并以“三藥合一”的大制藥工程為特色。本專業培養具有化學、醫藥學和工程學基礎知識、具備能夠解決制藥工程實際問題能力的高級技術人才，符合制藥工業企業、工業設計與研究部門要求的生產工藝工程師和工程設計工程師，及新產品、新技術研發所需的高級工程技術人員。
該專業主要課程包括：藥學微生物、醫藥學基礎、藥物化學、藥物合成反應、天然藥物化學、藥事管理學、藥劑學、發酵工藝原理、藥用高分子材料、專業英語、制藥工程原理與設備、制藥工藝學、藥物制劑工程技術與設備等。
畢業生可以從事藥品生產、GMP工程設計、新藥研制、生產技術與企業管理、藥品監督管理、藥品質量檢驗、醫藥營銷等方面工作，或攻讀更高的學位。本專業融合了化學、藥學、化學工程與技術、生物工程與技術等領域的知識，畢業生適應面廣，能力強，并具有良好的創新意識，深受用人單位的歡迎，近年來本專業畢業生一次就業率近100%。