員工關系的管理過程中一般會遇到以下風險問題：
(一)公司規章制度制定、公示風險：
用人單位在制定、修改或者決定有關勞動報酬、工作時間、休息休假、勞動安全衛生、保險福利、職工培訓、勞動紀律以及勞動定額管理等直接涉及勞動者切身利益的規章制度或者重大事項時，應當經職工代表大會或者全體職工討論，提出方案和意見，與工會或者職工代表平等協商確定。
在規章制度和重大事項決定實施過程中，工會或者職工認為不適當的，有權向用人單位提出，通過協商予以修改完善。用人單位應當將直接涉及勞動者切身利益的規章制度和重大事項決定公示，或者告知勞動者。一個合法有效的規章制度必須符合以下三點：
(1)規章制度必須通過民主程序制定;
(2)規章制度不能違反國家法律、行政法規及政策規定;
(3)規章制度必須向勞動者公示。
(二)入職管理的風險
入職管理的風險主要是：員工學歷證書虛假問題、隱瞞個人信息(如重大疾病等)，或沒有解除勞動關系或有保密條款或者其他約定的等造成勞動關系無效，導致雇傭方承擔連帶責任。應對措施是：
(1)規范入職登記表;
(2)核對候選人提交的證明材料;
(3)查驗各類證書的真偽;
(4)嚴格規范體檢標準;
(5)背景調查報告。
其中，入職登記表要有個人聲明：以上所填各項均為真實情況，并充分了解上述資料的真實性是雙方訂立勞動合同的前提條件，如有弄虛作假或隱瞞的情況，屬于嚴重違反公司規章制度，同意公司有權解除勞動合同或對勞動合同做無效認定處理，公司因此遭受的損失，員工有對此賠償的義務，并要求員工簽字確認;最后的背景調查報告必須要有被調查的員工親自授權，以防侵權。
(三)試用期期間的風險
在試用期內，公司的管理制度必須符合法律法規的規定，防止產生法律風險。試用期間公司的管理要做到：
(1)試用期期限要合法，試用期最短1個月，最長6個月，并且試用期只能約定一次。
(2)試用期不能脫離勞動合同而存在，要以勞動合同為依據。
(3)試用期工資標準有限制，即勞動者在試用期的工資不得低于本單位相同崗位最低工資的80%，并不低于用人單位所在地的最低工資標準。
(4)試用期解除勞動關系理由應充分。
(四)培訓協議風險
勞動法中明確指出：用人單位為勞動者提供專項培訓費用，對其進行專業技術培訓的，可以與該勞動者訂立協議，約定服務期限。勞動者違反服務期約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。違約金的數額不得超過用人單位提供的培訓費用。用人單位要求勞動者支付的違約金不得超過服務期尚未履行部分所應分攤的培訓費用。用人單位與勞動者約定服務期的，不影響按照正常的工資調整機制提高勞動者在服務期期間的勞動報酬。
風險提醒：
(1)違約金不應超過服務期尚未履行部分所應分攤的培訓費用。
(2)支付違約金的情況不僅包括員工離職，還應包含因嚴重違反公司紀律被解雇情形下的違約金支付情況。
(3)單位必須出具第三方開的培訓費用發票才能證明對勞動者進行過培訓，企業內部培訓或沒有第三方發票的都不算。
(五)保密協議與競業禁止風險
《勞動合同法》規定：對負有保密義務的勞動者，用人單位可以在勞動合同或者保密協議中與勞動者約定競業限制條款，并約定在解除或者終止勞動合同后，在競業限制期限內按月給予勞動者經濟補償。勞動者違反競業限制約定的，應當按月向用人單位支付違約金。競業限制期限不得超過2年。
(1)保密協議
根據我國《反不正當競爭法》規定，“商業秘密”是指不為公眾所知悉、能為權利人帶來經濟利益、具有實用性并經權利人采取保密措施的技術信息和經營信息。
《勞動合同法》第23條第二款規定：“對負有保密義務的勞動者，用人單位可以在勞動合同或者保密協議中與勞動者約定競業限制條款。”該條款將勞動者的保密義務延續到了勞動合同終結后。 因此，勞動者與用人單位之間的保密約定，既可以以保密條款的形式寫入勞動合同，也可以單獨訂立一份保密協議，兩種形式的效力是相同的。
(2)競業禁止
所謂競業禁止，亦稱“競業避止”、“競業限制”，是指負有特定義務的員工在離開崗位后一定期間內不得自營或為他人經營與其所任職的企業同類的經營項目。