績效考核關系著醫院管理者及醫務人員的切身利益，公立醫院績效改革也是醫改中業界關注的焦點。尤其是在醫院內部，績效獎金分配公平與否，備受醫生關注。
9月16日，在2014清華長庚醫療改革發展論壇上，上海交通大學附屬瑞金醫院原院長朱正綱呼吁，國家應制定統一的公立醫院績效考核體系，使不同歸屬的醫院得以公平競爭，進而使同一地區同一水平的醫生，不因在不同醫院執業，而獲得不同的待遇及發展機會。
隨著醫改的逐步推進，我國醫院的績效考核體系不斷變化。北京市醫院管理局副局長呂一平介紹說，在堅持體現公立醫院公益性的前提下，要以績效考評為有力助手，促使公立醫院從規模擴張轉化為質量收益，弱化總服務量，突出服務效率。
朱正綱對此表示認同，他說，根據過去的考核體系，科室賺的錢越多，職工分配就越高。而以當前上海和北京的考核指標為例，沒有一個指標直接與經濟指標掛鉤，強調的是服務的質量和內涵，并強化了收治病種、手術類型、平均費用、藥占比等反映醫院管理水平的考核指標。
不過，朱正綱對公立醫院績效考評現狀也表示擔心。他指出，在考核體系中，住院平均費用是衛生行政部門對市屬醫院考核指標之一。但同一層次同一地區的軍隊系統醫院不存在這樣的考核，軍隊醫院的收費標準自由度和收益分配權相對較高。長此以往，有可能使不同管理體制下的醫院差距越來越大。因此，他呼吁國家層面對公立醫院考核設立統一標準，以確保公平性。
公平性不僅是醫院院長關心的內容，醫務人員同樣充滿期待。根據北京市醫管局2013年的一項公立醫院職工滿意度調查，在醫院內部的績效考核中，績效獎金分配方式和公開公正透明性成為醫務人員最不滿意的內容之一。