深圳大學土木工程學院的前身是結構與市政工程系，1985年9月開始招生，是深圳大學最早招收本科生的單位之一。1997年4月，學校實行學院制，由建筑系、結構系和環境設計系合并成立建筑與土木工程學院，是深圳大學成立的第一個學院。2006年9月，應學科快速發展的需要，成立了獨立的土木工程學院。
土木工程學院設土木工程、建設管理與房地產、交通工程系，招收土木工程、工程管理、交通工程三個本科專業，其中，工程管理專業通過了建設部工程專業評估委員會的評估。除本科生教學外，學院擁有土木工程、管理科學與工程（工學）兩個一級學科碩士點及建筑與土木工程、項目管理、物流工程三個工程碩士授權點。
學院師資力量雄厚，現有雙聘院士1人，建設部工程管理專業指導委員會委員1人，建設部房地產估價與房地產經紀專家委員會委員1人，博士生導師3人，教授10人，副教授25人，85％以上的教師具有博士學位，所有教師均來自國內名牌大學。
學院學術氣氛濃厚、科研成果喜人。深圳市土木工程耐久性重點實驗室依托本學院建立，同時，學院還設有結構工程研究所，建設監理研究所、房地產研究中心、市政與交通研究中心、火災與爆炸災害研究所等科研機構。承建了包括國家自然科學基金重點項目、面上項目、省自然科學基金和建設部科技項目在內的一大批科研項目，年科研經費在全校各學院中名列前茅。