第二軍醫大學自1955年起開始招收培養研究生，是首批招收研究生的部隊院校。是國家首批博士和碩士學位授權單位和在職人員申請博士、碩士學位單位和放權免檢單位。 1998年度，學校入選首批臨床醫學專業學位博士、碩士兩級授權試點單位，并被總參謀部批準為“全軍研究生培養單位重點建設院校”。自1978年恢復研究生培養制度以來，已有4000名研究生獲得碩士或博士學位。
經國家教育部批準，第二軍醫大學于2000年6月試辦研究生院。目前，已建立了教育學、理學、醫學、管理學4個門類的研究生培養體系，在校研究生總數1600余人。根據學校發展規劃，在校研究生逐年將有較大幅度的增加。
全校現有博士生導師148名，碩士生導師415名，中國科學院院士2人，中國工程院院士2人，國務院學位委員會學科評議組成員 4人。有生物學、基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、藥學5個博士后流動站，生物學、基礎醫學、臨床醫學、中西醫結合、藥學5個一級博士學位授權學科，58個二、三級博士學位授權學科，67個碩士學位授權學科。
第二軍醫大學研究生教育堅持以培養質量為根本，強化三級管理責任制和導師負責制，學位與研究生教育工作取得了突破性的發展。首創“啞鈴模式”，利用一個導師在國內外兩個實驗基地的有利條件，建立穩定科研合作和聯合培養的關系，學位質量不斷提高，創新人才不斷涌現。