上海中醫藥大學中藥研究所，是以上海中醫藥大學和上海市中醫藥研究院為依托，致力于中藥現代化研究的科研機構。1992年，胡之璧院士在全國率先創立了“中藥生物工程研究室”，為中藥研究所的成立和發展奠定第一塊基石。春華十載多秋實，中藥研究所已發展成為一所學科門類齊全、硬件設施先進、人才梯隊完善、科研和學術水平在國內具有較強影響力的中藥科研單位。
中藥研究所主要由中藥生物工程研究室、中藥標準化研究中心、中藥復方藥理機理研究室組成，所在的中藥學科屬于教育部重點學科、國家中醫藥管理局重點學科、上海市（重中之重）重點學科，擁有中藥標準化教育部重點實驗室、國家中醫藥管理局中藥生物工程重點實驗室、上海市復方中藥機理重點實驗室等技術平臺，涉及中藥資源的可持續利用研究、現代生物技術在生產名貴及瀕危藥材中的應用研究、利用生物工程定向生產中藥活性成分研究、中藥對照品研究、活性成分與質量標準研究、中藥材及中藥飲片質量標準研究、中藥材國際行業標準研究、中藥藥性理論研究、中藥“毒性”及相關機理研究、中藥藥效物質基礎與作用機理研究等與中藥現代化密切相關的基礎、應用基礎和應用研究領域，先后承擔國家自然科學基金、“八五”攻關、“九五”攀登、國家973項目、國家“十五”重大科技專項（863專項）、國家科技部中國APEC科技產業合作基金、國家中醫藥管理局、上海市科委、上海市教委等資助的重大科研課題四十余項，并榮獲國家科學進步二等獎兩項、國家中醫藥管理局中醫藥科學進步一等獎一項、上海市科技進步一等獎一項、二等獎一項；獲得專利授權三項；近年在主要學術期刊上共發表論文五百余篇，其中SCI收載75篇。
上海中醫藥大學入駐張江高科技園區以來，中藥研究所在學校的關心和支持下，抓住“融入張江、共鑄藥谷”的歷史機遇，以成立上海市中藥標準化研究中心為契機，攜手中科院上海藥物研究所、上海新藥開發研究中心等多家科研機構，與國家新藥篩選中心、國家藥物安全評價中心、國家中藥制藥工程中心、南方基因組中心等單位共同構筑中藥現代化與現代中藥產業化開發的網絡群體和技術高地，逐漸成為中藥現代化和產業化的高級人才培養基地和國內、國際交流與合作中心。