計算機科學系簡稱計算機系，成立于1986年1月，同年招收計算機應用專業本科學生，次年招收教育技術學專業計算機圖形學方向碩士研究生。1990年華南師范大學與廣東省郵電管理局共同聯辦華南師范大學通信學院，計算機系同時成立該學院下屬的計算機通信系，并于同年9月對外招收本、專學生。
計算機系目前有計算機軟件與理論專業和計算機應用技術專業碩士點2個;有計算機科學教育、計算機科學與技術、軟件工程、網絡工程本科專業4個;有計算機通信、網絡與信息系統工程、計算機應用大學�？茖I3個。2001年計算機科學與技術專業被評為廣東省首批IT技術名牌專業
2003年計算機系在職教職工71人，退休教工22人。在職教工中專職教師45人(其中教授5人、副教授14人、講師17人、助教9人);教輔人員12人(其中副高6人、中級4人、初級1人、技術工人1人);行政人員7人(其中處級1人、正科1人、副科2人、技術工人3人);專職黨務人員7人(其中正處級 2人、副處級1人、科級2人、副科1人、科員1人)。教師隊伍學歷結構為：博士后2人，博士3人。碩士26人，在職攻讀博士學位3人。
計算機系設置5個教研室：計算機軟件與理論、計算機應用、計算機系統結構、計算機網絡與通信、信息系統工程;1個實驗中心：下設網絡中心、創新實驗室、軟件實驗室、硬件實驗室(含電路與模擬電子線路、數字電路、計算機組成原理、微機原理與接口等4個實驗室)，正在籌建單片機、嵌入式系統、EDA等3個實驗室;2個研究所：計算機科學與工程研究所、電子技術研究所;2個研究、咨詢中心：空間信息技術與應用研究中心、計算機知識產權保護咨詢中心;1個黨校：中共華南師范大學計算機科學系黨總支委員會黨校。管理服務機構設有系辦公室、繼續教育辦公室、資料室和學生工作室。
計算機系承辦的《電腦》雜志(月刊)，是一種發行量較大的電腦普及讀物。
2003年計算機系在校計劃內碩士研究生61人，本科生1026人，成人教育類303人，研究生班44人，澳門學位班28人，其它形式(自考等)392人。2003年畢業碩士研究生9人，研究生班19人，本科生224人，專科生124人，成人類學生160人。
2003年計算機系教工在國內外刊物發表論文81篇，其中1篇被SCI收錄，2篇被ISTP收錄;主編(主審)參編大、中、小學教材6本;其它編著、譯著3本;在研國家自然科學基金項目1項、國家863計劃項目1項、省部級及其他項目6項。
2003年計算機系學科建設取得長足發展：新增計算機應用碩士點1個，網絡工程本科專業1個，批準成立空間技術研究中心，成功舉辦了華南地區首屆計算機硬件教學改革研討會。
計算機系注重學生學風建設及創新能力的培養，2003年建立學生黨員先鋒模范作用示范點，以學生黨員的先鋒模范作用帶動和影響學生，大力推動了系風和學風建設。成功舉辦第四屆‘校園杯’軟件設計大賽、華南師范大學首屆ACM程序設計大賽。參加國際、國家和省級各種競賽，榮獲2003年美國大學生數模競賽各種獎項5人、2003年全國大學生數模競賽各種獎項6人、2003年全國大學生英語競賽各種獎項7人、第八屆全國挑戰杯大學生課外科技學術作品競賽各種獎項5人、其他各種省級競賽獲獎8人。