在滔滔的揚子江畔，在巍巍的紫金山下，坐落著全國著名重點大學、國家211工程重點建設院校——南京理工大學。自動化系作為南京理工大學的主要院系之一，致力于創造一流的學科專業，一流的師資隊伍，一流的創新人才，不斷開拓發展著令人可喜的新局面。
自動化系是在中國人民解放軍軍事工程學院炮兵工程系的隨動和指揮儀專業的基礎之上，經過了專業的不斷改造，學校院系間的不斷調整，于1984年正式成立了華東工學院自動控制系，1996年改名為自動化系。
自動化系是一個教學層次完備，教學條件先進，教學質量高的系。擁有控制科學與工程一級學科博士學位授予權(下含控制理論與控制工程、系統工程等五個博士點)及博士后流動站和相應的碩士學位授予權，其中一個是國家級重點學科，兩個是省部級重點學科。設有自動化、電子信息工程、電氣工程及其自動化三個本科專業。現有在校本科生1400余人，碩士研究生400余人(含工程碩士)，博士研究生80余人。
自動化系有教職員工80余人，其中教授15人、副教授22人。系下設有教研室5個，研究室1個，校電力電氣實驗中心1個、5個學科和專業實驗室。
自動化系科學研究、教學研究成果豐碩，近年來承擔了國家自然科學基金項目、國家863高技術項目、國家型號項目、國防科技預研項目、橫向科技項目200余項，獲國家級、省部級以上各類獎項60余項;發表學術論文1000余篇，有近百篇論文被SCI、EI、ISTP收錄。
自動化系學術氛圍濃厚、教風嚴謹、學風踏實，在各項教學環節中以培養高素質創新型人才為目標，注重理論與實際聯系，注重強電與弱電結合，注重硬件與軟件并重，在歷次江蘇省數學、物理競賽以及全國數模競賽中多人次獲獎。學生就業形勢好，考取研究生比例高。目前，自動化系師生正以嶄新的面貌迎接新世紀的挑戰，不斷開拓進取與時俱進，為再創輝煌而努力奮斗。