南京理工大學計算機系始建于1979年，現為信息學院下設立的獨立單位。該系師資力量雄厚，擁有一支結構合理、年富力強、學術思想活躍、綜合素質好的優秀學術隊伍，現有教職員工69人，其中博士生導師5人，教授10人，副教授21人。計算機系擁有3個本科專業，4個碩士點，2個博士點，1個博士后流動站。本科專業有計算機科學與技術、通信工程、軟件工程;碩士點有模式識別與智能系統、計算機應用技術、計算機軟件與理論、生物醫學工程(跨學科)，博士點有計算機應用技術、模式識別與智能系統;博士后流動站是模式識別與智能系統。目前在校本科生1502人，碩士、博士及博士后人員近500人。計算機系分別設有計算機科學與技術教研室、模式識別與人工智能研究室、計算機網絡教研室和計算機系中心實驗室，具備一流的教學科研配套設施。
計算機科學與技術學科一直是學校的重點支持的學科，整個學科點和學科梯隊的學歷、年齡結構合理，在人工智能、計算機軟件、計算機應用、網絡與分布系統等學科均有自己的研究特色。目前計算機系擁有一個國家級重點學科(模式識別與智能系統)，一個江蘇省重點學科(計算機應用)。十五期間，學科建設重點投資經費將達2200萬元。該系先后承擔了國家自然基金項目、863高科技發展項目、國防科工委重點攻關項目及省級重點項目多項，在十五期間在研經費達 3300萬元，學校在九五期間對系實驗室設備投資800萬元。計算機學科的五位博士生導師(楊靜宇、吳慧中、劉鳳玉、孫亞民、夏德深)，都是多次獲省、部級科技進步獎的知名教授，他們在各自的研究領域內成績突出，在智能機器人、圖像處理、數據融合、計算機仿真等領域有深厚的造詣。特別是博士生導師楊靜宇教授，他是模式識別與人工智能領域的著名專家學者，在國內外有廣泛影響。
計算機系在本科生教育管理方面一直名列學校前茅。在長期的教育管理和制度建設中，計算機系堅持用刻苦勤奮的精神教育學生，以爭先創優來激勵學生，逐步實現學生教育管理的科學化，長期以來計算機系保持了以學為主的良好學風，形成了計算機系管理嚴格、學風優良、學習領先的特色。從九五年以來，計算機系在南京理工大學基本上囊括了包括全國大學英語四級統考，校數學、物理、英語等學科競賽的所有第一名。特別值得一提的是計算機系990611班的陳瑜同學在全國英語六級統考中獲得了滿分的佳績。在注重學生課堂學習的同時，計算機系尤其重視學生創新能力和實踐動手能力的培養，引導、組織學生廣泛參加與本專業密切相關的科技發明和科技創新活動，計算機系多次在全國挑戰杯、江蘇省的電腦網絡競賽等科技競賽中獲獎。
計算機系也注意加強對外交流，每年都舉辦多次國內外高層次學者的學術交流，并與國內多家大型企業建立了良好的協作關系。目前有兩家公司在計算機系設立獎學金，即南京聯創系統集成公司設立的聯創獎學金和南京瑞康資訊有限公司設立的瑞康獎學金。計算機系現所發放的獎學金除上述兩項和優秀學生獎學金之外，還有海外學子獎學金。