南京理工大學于2010年7月以現有環境科學與工程、生物化工、輻射防護及環境保護等學科和生物工程、環境工程、輻射防護與環境工程三個專業為基礎，新組建了環境與生物工程學院。
環境工程專業成立于1979年，環境監測專業成立于1983年，均是江蘇省成立最早，也是國內同類院校中較早招生的環境類專業。1998年，根據教育部學科專業調整要求，環境工程專業與環境監測專業合并，成立了新的環境工程專業，并獲評國防科工委重點學科，江蘇省特色專業;生物工程專業成立于1994年，是“211”工程重點建設學科;輻射防護與環境工程專業成立于2007年，是國防科工委緊缺專業、國防特色專業。
學院擁有省部級重點學科1個，省部級特色專業1個，國防科工委緊缺專業1個。建有國家推廣中心1個，教育部工程中心1個，江蘇省技術中心1個，江蘇省高校重點實驗室1個。開設3個本科專業，擁有2個博士點、4個碩士點、2個工程碩士領域。
根據國內外環境和生物工程相關專業發展趨勢，逐步形成了水污染控制理論與工程、大氣污染控制技術與工程、固體廢棄物處理與處置技術、環境監測理論與技術、膜分離理論與技術、環境生物材料、基因工程與生物物質分離提取，生物化學與酶工程，資源微生物開發和利用、輻射防護與環境工程等多個研究方向。
學院已建立起高水平的由名譽院長唐孝炎院士領銜的學術隊伍近50人，其中高級職稱29人，教師和科研人員中擁有博士學位的比例達到75%，具有海外留學背景的超過60%，形成了結構優化、團結協作、富有創新的團隊。一些中青年教師已迅速成長為國內有一定影響的學科帶頭人，多人分別獲得“中國青年科技獎”、“全國環保杰出貢獻者”、“新世紀百千萬人才工程”國家級人選、“霍英東教育基金”、“江蘇青年科技獎”和“省部級有突出貢獻中青年專家”等獎勵。
近年來，學院先后承擔了國家863、973、國家自然科學基金、國防軍工等一批重點重大項目，科研經費逐年上升。發表學術論文1000余篇。先后獲得包括國家科技進步一等獎、省部級科技進步一等獎等在內的各類國家、省部級科技成果獎30多項;同時，學院還積極與大型企業合作，完成許多產學研及環保合作項目，解決了圍繞企業的環保技術難題，在國內外具有較高的知名度和影響力。
學院十分注重國內外的學術交流和合作。與美國、加拿大、澳大利亞、法國、瑞典、日本等國及港臺地區的高校和科研機構建立了長期的合作關系。每年派出多名訪問學者、交流學者、研究生到國外知名高校學習交流，有效提升了學院的自主創新能力和科技競爭力。