吉林大學中日聯誼醫院，坐落于吉林省長春市經濟技術開發區，是教育部直屬高校——吉林大學所屬的、衛生部部管的一所集醫療、教學、科研、預防、保健、康復為一體的全民所有制、非營利性、大型現代化綜合性三級甲等醫院。
醫院成立于1949年11月，前身是中國人民解放軍長春醫科大學外科學院，位于長春市新民大街829號。1993年7月，醫院主體遷入長春市仙臺大街 126號，從而形成了總部、二部(位于新民大街)、三部(位于開運街1433號)三位一體的格局，其中總部占地面積20.19萬平方米，建筑面積 13.44萬平方米。
新醫院是由吉林省人民政府和長春市人民政府撥地、衛生部投資基建、日本政府無償援助價值26億日元先進設備而共同興建的，新醫院的建成是中日兩國人民、兩國政府友誼的結晶，醫院被命名為“白求恩醫科大學第三臨床學院(中日聯誼醫院)”。2000年6月，吉林大學、白求恩醫科大學等5所高校合并組建新吉林大學，醫院易名為“吉林大學中日聯誼醫院”。
建院近60年來， 醫院建設有了長足的發展，確立了外科系統、微創治療、腫瘤精確放射治療在吉林省乃至東北地區的優勢地位。醫院現有在職職工1501人，其中醫務人員 1181人，具有高級職稱的醫務人員274人，其中教授80人，副教授156人。醫院現開放床位1550張，設有急救醫學科、骨科、心血管外科、胸外科、泌尿外科、男性生殖醫學科、乳腺外科、肝膽胰外科、胃腸外科、肛腸外科、腹腔鏡外科、神經外科、手神經外科、血管外科、顯微整形外科、整形美容科、手修復外科、手關節外科、心血管內科、呼吸內科、消化內科、風濕免疫科、腫瘤血液內科、放射治療科、腦血管病介入科、感染科、內分泌內科、神經內科、干部科、婦產科、兒科、眼科、耳鼻咽喉-頭頸外科、口腔科、皮膚科、感染科、中醫科、糖尿病科、康復科、輸血科、麻醉科、核醫學科、放射線科、電診科、鏡檢科、病理科、檢驗科、中心研究室48個臨床、醫技科室。
醫院裝備有核磁共振掃描儀(MRI)、64排螺旋CT、數字平板血管造影系統、全數字化電子直線加速器、三維數字化C形臂X光機、實時三維心臟超聲影像系統、計算機放射成像系統(CR)、全自動生化分析儀、流式細胞儀等先進診療設備千余臺(套)。醫院年門診量70余萬人次，年出院4.2萬人次，年手術 1.5萬人次，患者平均住院日12.2天。
醫院被中華人民共和國衛生部、 聯合國兒童基金會、 世界衛生組織評定為“愛嬰醫院”，是衛生部國際緊急救援中心網絡醫院，國家藥品臨床研究基地，是吉林省國家緊急救援培訓鑒定中心、緊急救援定點醫院。吉林省和吉林大學的一些醫療、科研機構設在該院，如吉林省外科研究所、吉林省創傷骨科研究所、吉林省心血管病研究所、吉林省乳腺疾病研究所、吉林省生殖醫學研究所、吉林省介入放射學研究所;吉林省腎臟移植與血液凈化研究中心、吉林省醫學影像工程技術研究中心;吉林省創傷骨科治療中心、吉林省人工關節治療中心、吉林省前列腺疾病防治中心;吉林省骨科質量控制中心、吉林省風濕免疫質量控制中心、吉林省放射診療質量控制中心、吉林省麻醉質量控制中心;吉林大學前列腺疾病防治研究中心、吉林大學手外科疾病診療中心、吉林大學角膜移植中心、吉林大學乳腺甲狀腺外科疾病診療中心、吉林大學肝膽胰外科疾病診療中心等。
醫院神經病學是教育部高等學校重點學科;骨科學、耳鼻咽喉—頭頸外科學是衛生部重點建設學科;內科學、外科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、臨床檢驗診斷學、影像醫學與核醫學是吉林省教育廳普通高等學校重點學科。醫院中心研究室是國家中醫藥管理局分子生物學三級科研實驗室，是吉林省高級人民法院、長春市中級人民法院親子鑒定指定實驗室。醫院檢驗科是衛生部臨床檢驗中心的臨床基因擴增檢驗實驗室。吉林省臨床分子生物學重點實驗室、吉林省心血管病重點實驗室、吉林省消化系病重點實驗室、吉林省創傷骨科重點實驗室、吉林省整形外科重點實驗室、吉林省耳鼻咽喉-頭頸外科重點實驗室、吉林省醫學影像重點實驗室設在醫院。醫院主辦的《中國實驗診斷學》雜志是中國科技核心期刊。
醫院同時作為臨床教學醫院——吉林大學白求恩醫學院第三臨床學院，擁有19個教研室，承擔著臨床醫學專業與日語醫學專業本科生教學任務。醫院是臨床醫學專業博士學位、碩士學位試點單位，擁有博士學位授權專業9個，碩士學位授權專業27個，臨床醫學博士后科研流動站1個;博士研究生導師19名，碩士研究生導師196名;在籍本科生251人，在籍研究生647人。醫院重視學科建設及人才培養，堅持人有專長、科有特色、院有優勢的發展方略，努力培養醫德高尚、醫術精湛的醫學專家。醫院積極與國際醫學前沿接軌，加強對外交流與合作,并與國內外知名醫學院建立了友好關系;醫院建有獨立網站 https://www.5413.com.cn。
醫院始終秉承“仁心良術”的醫院精神，倡導“以人為本、精益求精、團結務實、創新圖強”的院訓，以一流的質量、一流的技術、一流的服務、一流的環境為人民的健康做出貢獻。
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