吉林大學第二醫院是衛生部部管，教育部部屬大型綜合性教學醫院，原名白求恩醫科大學第二臨床學院，創建于1948年，其前身是始建于1936年的偽滿洲國新京特別市立醫院，櫛風沐雨幾度更名，于1978年8月正式定名為白求恩醫科大學第二臨床學院。2000年6月五校合并改名為吉林大學第二醫院。
醫院占地面積65725平方米，建筑面積115863.6平方米。2008年門急診量達70萬人次，住院病人近5萬人次，其中手術病人2.2萬人次。醫院醫療、科研力量雄厚、人員梯隊合理。每年承擔國家、衛生部及省市重大科研課題近百項，而且還承擔吉林大學臨床醫學專業、婦幼衛生專業、口腔醫學專業本科生和成人教育學院、護理學院等學生的臨床教學任務，現有具有高級職稱醫護人員253人，有96名碩士生導師，27名博士生導師。2006年——2008年共發表科技學術論文1815篇，其中被SCI收錄的科技學術論文37篇;縱向課題191項，其中國家自然科學基金13項，“863”子課題1項，“973”子課題1項;橫向課題33項。醫院現設有38個臨床科室，12個醫技科室，15個教研室，擁有病床1740張。吉林省呼吸病研究所、吉林省圍產醫學研究中心等10余個省級研究中心均設在二院，以其精湛的醫療技術，擔負著全省的醫療會診任務。是衛生部臨床藥理基地和衛生部國際緊急救援中心網絡醫院。
醫院的儀器設備不斷更新，有國際領先的核磁共振機、數字減影機、64排螺旋CT機、眼科準分子激光曲光系列矯正儀、全國領先的NT系列內鏡圖像顯示儀、彩色多普勒、眼科玻璃體切割機、激光視網膜脈絡膜造影系統、全自動生化分析儀、直線加速器、鈷 60 放射治療機等大型儀器設備300余臺件。
婦產科、眼科、皮膚科、基本外科及耳鼻喉科是吉林省、吉林大學重點臨床科室;心血管外科完成的世界首例冠狀動脈右室瘺的瘺口修補加右冠狀動脈成形術和國內首例雙極射頻消融改良MazeⅣ手術治療房顫的病例，均達到了世界先進水平，在吉林省內完成首例本省醫生主刀的心臟移植手術：一期完成主動脈瓣和二尖瓣膜置換，三尖瓣膜成形，心房血栓清除，冠狀動脈搭橋及雙極射頻治療房顫的復雜手術治療。在吉林省內率先獨立開展冠脈搭橋手術，包括常規體外循環下冠脈搭橋術，非體外循環心臟跳動下冠脈搭橋術等等。此外，呼吸內科、泌尿外科、心血管內科、胸外科、皮膚科、耳鼻喉科、腦外科等多項治療技術水平均達到了國內領先水平，為吉林省醫療水平的發展做出突出貢獻。
改革開放以來，多次接收日本、美國、加拿大、韓國等研究人員來院學習中醫、針灸技術，并不斷向美國、日本、韓國、俄羅斯、奧地利、澳大利亞等國家派出專業人員研修、考察，同時邀請了一些國外學者來院講學、訪問，并聘請名譽教授、顧問等多人，并與韓國延世大學Severance醫院結為友好醫院，加強了學術交流和友好往來。
1993年9月醫院通過了衛生部檢查團的檢查驗收，為吉林省內綜合醫院首家國家級愛嬰醫院，1994年4月又進入衛生部三級甲等醫院行列。2004年在中華醫學會舉辦的“讓患者明明白白看病，爭創百姓放心醫院”活動中被評為首批“全國百姓放心示范醫院”。多年來，多次榮獲國家及省市校各級榮譽稱號百余項，2008年被中國衛生思想政治工作促進會評為全國衛生系統思想政治工作先進單位穿越歲月的長河，歷經六十余年的洗禮。吉林大學第二醫院凝心聚力，秉承優良傳統，以科學發展觀為統領，以高質量的醫療水平和良好的醫德醫風努力服務社會、服務人民。站在新的起點，吉林大學第二醫院將用手中絢麗的畫筆在未來發展藍圖上書寫更加華美的篇章!
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