合肥工業大學數學學院的前身是屬于合肥工業大學基礎部數學教研室，1985年由數學與力學兩部分合并成立數學力學系，1996年合肥工業大學與安徽工學院合并成立了新的合肥工業大學，兩校的數學、力學合并也成立新的數學力學系。1999年在學校的院系調整中，由數學力學系的數學部分和物理系合并成立理學院，2007年理學院分開成立了數學系，2009年4月撤銷數學系，成立數學學院。經過多年的建設與發展，數學學院的學科學位建設和師資隊伍建設都取得了顯著的進步。本院現有專任教師102人，其中教授11人,副教授25人,擁有國家級教學名師1人，博士生導師2人，全國數學與統計學課程教學指導委員會委員1人。自九十年代以來，我院共獲省部級以上自然科學獎2項，省級教學成果特等獎、一等獎，二等獎各一項，三等獎2項。主持國家自然科學基金6項，主持省部級科研項目15項，并發表了大量的科研論文和專著�！陡叩葦祵W》為省級精品課程，《高等數學》教材為國家級“十一·五”規劃教材，《線性代數》、《概率統計》、《代數編碼》、《數學實驗》、《數學分析》為校級精品課程。
目前，本院設有信息與計算科學、數學與應用數學專業兩個本科專業，擁有應用數學、計算數學2個碩士點。全院設有基礎數學系、信息與計算數學系、應用數學系、公共研究生數學教學部、大學數學教學部、工程數學教學部等6個系、部以及應用數學研究所、系統科學研究所、技術科學與模擬防真研究所、統計分析與運籌優化研究所共4個研究所。研究領域主要有：應用數值逼近、CAGD、應用統計、非線性動力系統、編碼與密碼、優化計算等專業方向。