生物系統工程系前身是浙江大學農機系，創建于1960年，是我國南方農業院校中最早建立的工科系專業之一。1986年更名為“農業工程系”，2002年更名為“生物系統工程系”。本系中具有“農業工程系”一級學科博士學位授予權和博士后流動站，擁有“生物系統工程”、“農業機械化工程”、“農業水利工程”、“農業電氣化與自動化”博士點、碩士點和“生物系統工程”等等相關本科專業，其中農業機械化工程學科為農業部重點學科。目前在農業生物生產機電工程、生物系統信息采集與管理、生物物料加工工程、供用電技術、水環境與控制工程、生物資源綜合處理利用等領域和方向上已形成顯明的特色和優勢。目前與美國Illinois州立大學、美國 Margland州立大學、美國Arkansas州立大學、美國Mechigan州立大學、東京農工大學等等世界著名大學的相關院系建立了良好的科研合作和學術交流關系。
本系擁有雄厚的師資力量，有教授5人、博士生導師3人，副教授22人。在教師中獲教育部高校青年教師獎獲得者1人、入選國家的百千萬一、二層次人才1 人、浙江省“151”人才工程3人、浙江省“新世紀151人才工程”重點資助人員1人、浙江省中青年學術帶頭人 2人、浙江省自然科學基金人才基金1人、浙江省突出貢獻的中青年科技人員1人，獲浙江省青年科技獎1人，獲中國農業工程青年獎 3 人。較多教師在重要學術團體擔任要職，當任全國一級學會副理事長2人次、常務理事和理事11人次;當任全國二級學會副理事長10人次、常務理事和理事20 人次;當任浙江省級學會理事長1人、副理事長2人、常務理事和理事20多人次; 一級學報編委會4人次，其中副主任1 人;其它學術刊物編委會9人次。
近五年來，共承擔了國家、浙江省及地方政府和企業委托項目80多項。在科研項目中有國家 “863”項目2項、國家自然科學基金8項、國家科委其它項目2 項、浙江省科技攻關重大招標項目2項、浙江省自然科學基金人才基金項目1項、中國高校博士點基金1項、國際合作項目5項、浙江省自然科學基金12項、浙江省科委重點項目6項、農業部項目4項。獲各級獎勵成果36項，其中省部級以上獎11項。出版教材7種，發表學術論文400余篇，被SCI收錄論文10篇、 EI收錄14篇。近五年來，技術轉讓22項, 獲國家專利29項，創直接社會經濟效益十多億元。
本系面向國內外招收博士后研究生、博士生、碩士生、本科生、�？粕透呒夁M修生。自從建系立以來，共為國內外培養專業技術人才4000余人，其中博士研究生和碩士研究生200余人，本科生1400余人、留學生20余人。
圍繞學校建成“具有世界先進水平的研究型、綜合型、創新型的一流大學”的思路，在學院領導下本系提出建設“一流專業和學科”的奮斗目標。大力推進“生物系統工程”與“工程科學”、“生物學科”、“信息學科”、“控制學科”等的交叉、融合和創新，促進形成新的科研優勢和特色,在培養具有很強生物科學知識背景的高級工程技術人才上和推進產業化經營、專業化分工、規�；a、區域化布局和提高資源綜合開發利用率中發揮出巨大的作用。