廈門大學國學研究院始創于1926年10月10日，是繼北京大學研究所國學門和清華研究院國學門之后，我國高校建立的又一重要的國學研究機構。它的創辦，體現了廈門大學注重學術研究，兼顧中學與西學而以整頓國學為重的辦學宗旨，也是初創時期的廈門大學對當時整理國故的學術潮流的積極回應。
廈門大學國學研究院是廈門大學發展史上的輝煌篇章。
初創的廈門大學國學研究院由當時的校長林文慶任院長，語言文學家林語堂任總秘書，語言學家沈兼士任研究主任。學院聚集了魯迅、林語堂、沈兼士、顧頡剛、張星烺、孫伏園、陳萬里、俄國人類學家史祿國、法國漢學家戴密微等中外著名學者。時媒體稱其“大有北大南移之勢”。廈門大學國學院建立時確立的研究理念是：“研究古學必得地質學、人類學、考古學、古生物學等等作為參考”;注意研究對象所蘊藏的區域，注意調查和研究“閩南各種方言社會以及民間一切風俗習慣”;并學歐西的科學精神，對研究對象條分縷析、悉心研究。
它雖然只存在短短幾個月，但所開辟的研究領域已為廈門大學諸多學科的發展奠定了基礎，而它所開創的學術傳統則影響了一代代廈大學人。
進入二十一世紀，伴隨著中華民族全面偉大的復興和人文社會科學的迅速發展，作為中國文化的精髓，國學和國學研究重新引起國人和世界的關注和重視。在福建省黃小晶省長、汪毅夫副省長、以及廈門市政府的關心和支持下，廈門大學于2006年12月22日復辦廈門大學國學研究院，來自教育部、福建省、廈門市領導和海內外著名高校、重要研究機構的國學研究專家代表及廈門大學領導、師生參加了復辦典禮。
復辦后的廈門大學國學研究院以“萃取國學精華，弘揚中華文化”為宗旨，秉持“兼容并蓄、開拓創新”的學術精神，放眼世界文明發展，研究中華文化和中華學術;集聚海內外國學研究專才，構建高水平學術平臺，培育國學研究新秀;尤其要繼承廈門大學國學研究傳統，發揚多學科交叉整合優勢，突出國學主流和區域性研究特色，努力建構國學研究的東南風格。國學研究院采取以研究課題為中心的管理方式，精簡管理機構和運行程序，突出學術研究和學術品位，激勵重大學術問題的研究與創新，以具體課題研究的方式培養國學人才，努力培育學術精品，為構建和諧文化和二十一世紀中華民族全面偉大復興，促進世界和平和文明事業發展，作出自己的重要貢獻。
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