生物醫學研究院是廈門大學直屬研究機構，作為集基礎研究、創新、轉化為一體的平臺，研究院強調原始性創新，在發表高水平文章，促成有知識產權成果的轉化和開發的同時，著力培養一批生物醫學研究、生物制藥企業管理人才和創業人才;鋪設生命科學、醫學和化學等相關學科交流合作的平臺，發揮國內外學術交流、科技合作的窗口作用。
生物醫學研究院的主要發起創辦人包括來自美國加利福尼亞州生物硅谷圣地亞哥研究所(Burnham Institute)的三名教授：張曉坤博士、許華曦博士和馮根生博士。圣地亞哥與波士頓、舊金山灣、華盛頓和北卡研究三角園等共同組成美國5大生物產業基地，是全美大學和研究所中獲得美國聯邦科研費用最多的研究機構之一。同時，新加坡分子與細胞生物學研究院教授、常務副院長，國際知名分子與細胞生物學家洪萬進博士，以及美國病毒、腫瘤制藥公司生物研發部主管鄭立謀博士均是研究院的主要發起創辦人。研究院下設6個研究中心：癌癥研究中心、細胞生物學及傳染性疾病研究中心、代謝性疾病研究中心、神經退行性疾病及衰老研究中心、轉化醫學研究中心和天然產物化學研究中心。