1985年，經原國家教委教研司011號文件批準，我校政治經濟學(特區經濟)和企業管理專業開始招收碩士研究生，至1988年共招收4屆19名碩士研究生。1993年至1996年，我校政治經濟學、中國古代文學、馬克思主義哲學、建筑設計及其理論4個專業分別與華南師范大學、華南理工大學聯合培養碩士生研究生共10人。
1996年，我校正式獲得碩士學位單位授予權，同時3個學科、專業獲得授權。之后，全校上下團結、努力，不斷加強學科、學位點建設，至2011年，我校已擁有3個博士授權一級學科，25個碩士授權一級學科，另有15個碩士授權二級學科。
目前，在校研究生3300余名，根據學校“十二五”規劃目標，2015年在校研究生將達 5000名。 我校師資力量雄厚，現有碩士生導師812 位，博士生導師27人。為提高學校整體科研水平，提高培養質量，學校引進了以牛憨笨院士、倪家纘院士、陳國良院士為代表的一批高水平學科帶頭人，并為他們提供優良的工作條件，組建了學術梯隊。最近，又聘請劉盛綱、陳俊亮、錢清泉等8位院士為我校“雙聘”院士。
為充分發揮我校高層次教育的社會作用，學校采取多種形式，加大對社會人才的繼續培養。學校于2000年開始舉辦研究生課程進修班，多年來，有數千人才參加了研究生課程學習;數百人通過同等學力人員申請碩士學位全國統考和學位論文答辯，獲得碩士學位。
2005年，我校獲工程碩士專業學位授權，現已在電子與通訊工程、建筑與土木工程、集成電路、機械工程四個專業領域招生。近年來，專業學位碩士發展迅速，目前我校已擁有包括MBA、MPA、教育碩士、法律碩士等21個專業學位點(培養領域)。
隨著我校研究生教育規模的擴大，加強管理、保證培養質量就成為我們的工作關鍵。為此，學校在增加投資力度，加強學科建設、學位點建設的同時，不斷健全研究生教育的管理機構，充實管理隊伍，完善各類規章制度。2010年12月，深圳大學研究生部更名為研究生院(籌)，下設培養管理辦公室、學位辦公室、學生工作辦公室等工作部門，學位與研究生教育工作進一步得到加強。